除了物质上的产品以外葡萄牙人也带来了精神文明：基督教。罗马教皇也争相和葡萄牙西班牙人一起来瓜分世界，日本便是第一站。葡萄牙人派出了很多耶稣会的会士，他们最初受到了热情的接待。日本此时已有很多种宗教派系，对于他们来说基督教不过是另一种宗教而已。而基督教中排除异己的原则最终惹恼了日本人。天主教到底是什么？这些信徒到处宣传其它信仰都是荒谬的并断言那些受到日本人无比崇敬的祖先们如果没有接受过洗礼就会在地袱中受火刑。

基督教强烈地震撼了日本人的思想。他们残杀了大部分的耶稣会的会士，而后在岛原暴动中，他们又彻底铲除了信仰基督教的日本人。

自此，日本人断绝了和西方的一切往来，他们只允许一些荷兰商人在离她们本土很远的一个孤立的小岛上活动。而这些荷兰商人始终没有权力登上日本本土。

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——埃德蒙·威尔斯

《相对且绝对知识百科全书》第Ⅱ卷