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1895年1月，日军进攻北洋舰队集结地的山东半岛威海卫，2月，水师提督丁汝昌自杀，北洋舰队投降。屡遭失败的清朝，通过美国要求和解。日本军部仍主张继续战斗，3月，全权大臣李鸿章来到下关进行停战谈判。然而，李鸿章遭到暗袭而负伤，日本唯恐受到列强批评而停战三个星期，这期间又占领澎湖列岛，使谈判更加有利。
马关条约与“台湾民主国”
1895年4月17日，李鸿章和日本全权任命的伊藤博文、陆奥宗光签署了《马关条约》，内容如下：
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（1）清朝承认朝鲜是“完整无缺独立自主的国家”。
（2）割让辽东半岛、台湾和澎湖列岛。
（3）赔偿二亿两白银（之后又以追加三千万两为条件归还辽东半岛）。
（4）开放重庆、苏州、杭州等口岸，承认日本人在口岸的企业经营权。
这里的朝鲜独立只是为了否定与清朝的从属关系，事实上金弘集政权领导下的甲午改革强化了朝鲜对日本的从属关系。条约中除了企业经营权之外，还有多项权益，都是以前英国曾经向清朝提出的要求。可见日本极其在意列强的态度，同时推动了战争。
24 丘逢甲
果然，《马关条约》签订后不久的4月23日，沙俄召集法国、德国进行三国干涉，迫使日本归还了辽东半岛。广为人知的是，此时“卧薪尝胆”一词扩大到日本全国，为日俄战争埋下了伏笔。
《马关条约》的内容公开后，被割让的台湾掀起了抵抗运动。5月25日，台湾第一英雄丘逢甲等人高喊“我等台湾同胞誓死不屈，战斗到底”，宣布“台湾民主国”独立，分别任命台湾巡抚唐景崧和中法战争英雄刘永福为总统、大元帅。6月4日，日军开始登陆，唐景崧逃往厦门，台北、基隆等北部据点被占领。南部仍然激烈抵抗，11月，首任台湾总督桦山资纪宣布平定整个台湾时，包括妇女、少数民族在内，已经有14 000多台湾人遭到杀害。
甲午战争以清朝的惨败告终。这不仅意味着长期以来作为东亚世界秩序的朝贡体制的崩溃，同时也意味着19世纪后半期中国尝试的洋务运动受挫。特别是，败给“同文的小国”日本，人们受到巨大的打击。主战派的一位官员也主张，即使暂时忍受这种耻辱，朝廷也不能等闲视之，应该采取手段。除了自强，别无他法，强烈呼吁有必要以中央政府为中心进行政治改革。
当然，洋务运动中逐渐清晰的地方势力的抬头，是动摇传统中国僵硬的专权统治的必经阶段。洋务运动成为中央无法控制的近代化事业，虽然影响了改革速度和统一性，却为日后中国摸索多种可能性播下了种子。和面临摆脱幕藩体制、集权化课题的日本，可以说起点就存在差异。
而洋务运动中一贯显现的儒教文化毫不动摇的信心，体现出诞生古典文明的中国社会所具备的对异文化的姿态。甲午战争后“日本模式”被大肆宣传的这一事实，体现出两次鸦片战争都未曾动摇的“中华”信心，经过这场战争的失败终于发生了变化。
对洋务运动而言，最大的讽刺是，为平定内乱、安定国防而诞生的淮军和北洋舰队，在维持朝贡体制的名义下，围绕朝鲜侵略问题，被动员和日本竞争。北洋军队未曾预想到这场战争，最终以惨败结束，但是，胜利的日本也被卷入帝国主义势力之间无休无止的战争漩涡中。
