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第七章
「左翼」與「右翼」的民眾宗敎運動
（十三世紀）
十三世紀初葉正是中世紀中期鼎盛時期，也是中世紀由盛而衰的分水嶺。一二一五年十一月十一日第四次拉特蘭公會議開幕，教皇英諾森三世為基督教會描繪了一幅令人儆醒的圖象；教會將在異端中淹沒；他號召教會進行徹底的改革。[1]
當時，群眾性宗教政治社會運動如阿爾比派、華爾多派、方濟各派、多米尼克派（後來還有胡斯派、福音派）風起雲湧，形成爆炸性的局勢。人們會問：為甚麼在這時候會發生這樣的風暴？或問：風暴未曾更早地興起，是受到哪些力量的牽制？在這兩個問題之中，第二個問題可能更費思索。從古代世界後期，直到十九世紀，造成風暴的因素經常是潛伏而又受到壓制的。自卡洛林王朝，帝國教會表面上已經使廣大中歐民眾都皈依了基督教，其實各民族的古代文化並未被觸動。卡洛林王朝教會雖然用基督教教父思想裝扮起來，但每當遇到真正挑戰時，就潰不成軍，而且從無例外。在地中海地區，沿托萊多—土魯斯—里昂—米蘭—拿坡里一帶，始終是在叙利亞、希臘、阿里安派、諾斯替派思想影響之下，更接近於古代後期思想。南方的思想界對於領主、主教、修道院長主持下的體制化的教會始終持輕蔑的態度；歸根結柢，那些教會權貴都是些外國人。南方思想界對西班牙—阿拉伯伊斯蘭教及其濃厚的二元論宗教思想是持包容態度的；另一方面，對官方教會則有許多不滿。在社會上層，無論是貴族、法官、富裕市民、醫生都對官方教會持批評態度；社會下層民眾既不理解官方教會的組織與神學思想，更不滿高級神甫們的腐化生活。上層有在理性上持獨立見解的修道僧、人文主義者、學者；社會下層，民眾繼續保持着千百年來的習俗、禁忌、儀式和聯繫網，與官方教會的統治體系抗衡。每遇出生、殯葬、每年民間慶祝狂歡節或社會醞釀革命時，這種矛盾就更突出，更表面化。
正是這樣的局面推動了教皇格列哥利時代的靈性改革與革命。[2]錫爾瓦·坎迪達的洪貝爾、彼得·達米安與格列哥利七世都對教會走向世俗化公開抨擊。進入十二世紀後，克萊沃的伯納、賴謝斯堡的蓋霍、賓根的希爾德嘎、宣瑙的伊麗莎白、索斯伯里的約翰繼續從事這種批判。[3]十二世紀末的修道僧尼格爾·維日克（Nigel Wireker，約死於一二〇〇年）對英格蘭與法蘭西的神職人員曾作了大量揭發。比利時人吉爾貝（Gilbert the Belgian）譴責修道院一心追求權勢與財富：修道院長有四名法律顧問為他辦事，生活奢侈；儘管窮人在主教宫前瘐斃，他卻怡然自得地侍弄自己的獵鹰。[4]根特的尼華德（Nivard of Ghent）在十二世紀中葉以刻劃修道僧沃爾夫（Wolf）的愚蠢貪食形象來猛烈抨擊修道院。索斯伯里的約翰的朋友、十二世紀著名的人文主義者詩人、黎伊的華爾特（Walter of Lille）在所寫詩歌中，幾乎有一半是揭露高級神職人員不顧百姓困苦而耽於奢華亨受；他（還有其它著述家）進而攻擊羅馬教廷，在那裏的各種職位，從教皇到守門人，都可用錢買到手。
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這種社會輿論說明三點：首先，十二世紀歐洲社會對教皇、主教和教會的權威普遍失去信任；其次，修道院所標榜的基督教生活方式已經聲名狼藉，群眾宗教生活的社會基礎已遭破壞；第三，格列哥利正好利用群眾來推行他的改革計劃，支持群眾反對主教與修道院長[5]。
十二世紀宗教運動中的一翼是由遊方傳道人組成。他們號召人們悔改，模仿基督與使徒，過安貧樂道的生活，他們很能夠打動民眾的心，因為民眾本來已滿懷對神甫和修道僧的憤懣；覺得這些遊方傳道人所講的才是真正的基督教福音。十一世紀初葉，在米蘭受審的異端分子中，有些寧被火焚，拒絕認罪，認為他們所信的才是真正的基督教，擁有最高的靈性權威。[6]十二世紀的遊方傳道人中有一部份持守基督教的正統信仰，被阿伯拉稱之為「新使徒」；另一部分遊方傳道人則在反對官方教會時，連教會的聖事活動如聖餐也加以否定[7]。而且，後一部分人的勢力越來越大，壓過了前一部分。
從十一世紀起，持異端思想的人，起初只是個別神學家、哲學家、思想家。他們的思想逐漸影響地中海地區的貴族與城市居民；而後又傅播到貧苦的流民中間，最後植根於被束缚於土地上的貧苦農民之中。右翼的基督教奮興運動只謀求在官辦教會中取得一席之地。左翼民眾宗教運動中有一批本來是溫和分子，由於主教對他們採取敵視態度，把他們推到了正統教會的邊緣。過去，學者們以為這些左翼的宗教運動中也互不相容，現在知道他們之間和諧相處的程度遠超過先前學者們的想像。這個時代，到底是在特倫特公會議
之前三個世紀，離多瑪主義的嚴格束縛還有一個多世紀。在古老的歐洲社會與地中海地區的希臘化知識分子之間，顯然還有很寬闊的中間地帶。使多種古代的異端、迷信、星象學、諾斯替派思想以至古老的異教儀式得以原封不動地長期保留着，有些甚至延續到二十世紀初。於是，堅持一元化的國家教會產生了長期撲滅這些不順從國教者的使命。由於有這樣一個中間地帶，使我們瞭解到，十二世紀到十六世紀初葉，馬丁路德發動宗教改革初期，教會抱着的不明確態度。以十二世紀來說，教會正在發展，還處於自我發現、自我認識的階段。對無論是右翼或左翼的基督教群眾運動，都往往把它們與非基督教性質的群眾運動統統稱作異端，不加區別地一概予以鎮壓。華爾多派、阿爾比派、方濟各派的遭遇便足以說明這一點。
華爾多派的發源地里昂是古代希臘思想、基督教文化以及基督教異端麇集的地區。一個市民彼得·華爾多（Peter Waldo）雇了一名窮學生伯納·伊德洛（Bernard Ydros）為把《聖經》中的《福音書》和其它一些經卷譯成法文；而後，他又請一位文法學家艾提昂·唐塞（Etienne d'Anse，後為里昂大教堂的一位經師）把《福音書》譯成當地方言，加以推廣。於是，以「里昂窮人團」為名的一個基督徒運動就此開始了，其活動内容無非是勸人讀《聖經》，效法耶稣。里昂大主教對他們大加鞭撻，里昂窮人團被迫走上起義道路，而且思想上也轉為激進，反對敬拜聖徒，反對為死者禱告（為此不惜與舊世界的古老傳統決裂），對任何外物的崇拜都被看作偶像崇拜。他們寧在任何地方甚至馬廐中禱告也不進教堂。在他們看來，教堂是君士坦丁大帝時代的教皇西薇斯特一世發明的，有了它就毀滅了一切。華爾多派反對神職制度，連帶地也反對由神甫主持的彌撒。他們只按《聖經》記述作為準則，每年只在耶穌受難節前夕舉行彌撒禮，其它時候只舉行紀念禮拜。他們採用地方方言的《聖經》譯本，用地方方言祈禱、唱詩，信徒過互助生活，創辦自己的學校，組織自己的傳教活動，在意大利、法國南部和西班牙迅速發展。他們反對神職制，反對羅馬教廷的立場，使他們日益接近比他們勢力更強大的清潔派異端運動。
華爾多派自十二世紀遭受鎮壓，直到六百年後，在十八世紀才獲得公民權利和信仰自由。這段歷史表明：一個靈性運動怎樣在高壓下採取抵抗態度，促使它在政治上更激進，並在宗教上也更強調遠離世俗。華爾多派異端本是古老歐洲的正統宗教運動。卻被排斥到邊緣地帶中去。以後的歷史中，也不乏類似情況，把宗教團體驅入世俗政治組織中去。華爾多派開始受到取缔時，沒有地方可去做禮拜，也沒有自己的學校，它先採取的是一種精神抵抗的態度，而後發展為思想理論上抵抗，然後再發展成政治上的抵抗運動。就是在清潔派和華爾多派殘餘力量的基礎上，這些地區到十六世紀成為法國新教雨果諾派興起的溫牀，又成為十八世紀啟蒙運動和一七八九年大革命的溫床。[8]
清潔派也在法國南部和西班牙的肥沃土壤中孳生出來。它的根源明顯來自東方。它的教義思想包括了前基督教、非基督教、反基督教和初期基督教的各種成份。由於十字軍東侵，激起了親東方的教派對西方國家政權的反感、敵視和對抗。清潔派對羅馬教廷的仇視也令人想起東方教會對不屬靈、不合基督教信仰的西方教會的長期仇恨。西方對此做出的極端的反應可以說明它的焦慮程度。[9]十字軍在這些運動的歷史中起了舉足輕重的作用，讓我們現在考察一下這方面的歷史。
十字軍歷史研究的最新結論[10]說明：十字軍運動固然包括了許多複雜的因素，其中最重要的則是東西方基督教國家之間的敵視爭吵，[11]開始時是出於誤會。十一世紀拜占庭皇帝阿列克西斯向教皇烏爾班二世商洽派遣西歐僱傭軍，原是為了防禦穆斯林的軍事進攻，而烏爾班二世則認為是要征服耶路撒冷和巴勒斯坦聖地。在希臘人眼中，就文化上說希臘與阿拉伯文化之間更加接近，而西方的十字軍則是一夥迷信的蠻人，十字軍攻佔君士坦丁堡，更使東西方兩個世界的決裂無可挽回。[12]耶路撒冷的歷史中，東方正教會與拉丁人爭奪聖地的教會和修道院，把雙方的分裂載入了史冊。代表西方教會的是屬靈的方濟各會修士，正好與強調靈性主義的東方教會旗鼓相當。
在東西方最後分裂之前，雙方爭霸的鬥爭已經進行了幾個世紀。在此期間，一種新的帶摩尼教色彩的諾斯替派，以基督教派形式，從巴爾幹傳入西歐。[13]這便是十世紀初保加利亞王國中興起的鮑格米勒教派（Bogomilism）上帝之友運動。十二世紀前半葉時，它在君士坦丁堡已擁有強大的勢力，並滲入意大利北部、法蘭西南部，成為清潔派和帕塔仁派（Patarenism）。鲍格米勒派主張的「純正福音」，認為地上的生活毫無價值，在這一點上，可以認為它是反基督教的。他們聲稱：魔鬼是世界之主，統治着羅馬和拜占庭教會連同基督教會的各種崇拜對象（特別是十字架）。
鮑格米勒教派誕生於斯拉夫各族下層民眾與東方諾斯替派——保羅派（Paulicians）和彌撤良派（Messalians）——思想影響之中；它反映了下層民眾和下層神職人員與社會上層、教會上層之間的對立鴻溝。拜占庭政府與教會一貫對下層採取高壓政策。九世紀時，拜占庭政府把保羅教派成員流放到色雷斯（Thrace，巴爾幹半島東部）。這恰恰幫助了保羅教派的傳播。一二〇〇年，大主教伯納從教會中驅逐一位有學識的希臘金匠阿里斯托迪歐斯（Aristodios）。[14]阿里斯托迪歐斯在波斯尼亞創立了鮑格米勒派教會。它與東西方摩尼教相呼應而發展起來，直到十五世紀（指奧托曼帝國統治之後時期）被吸收入伊斯蘭之中；因為鮑格米勒派、阿里安教派在某些方面與伊斯蘭本來很接近。最後一個鮑格米勒派家族在黑塞果維那的一個農村，在一八六七年轉依伊斯蘭教。[15]在十二世紀西歐，保加利亞人就意味是清潔教派的。
一一五〇到一二五〇年間，歐洲各地的清潔派教會，能夠確認的有十六處，都是由東方各族移民組成的。意大利有六處，其中最大的在倫巴第，最有文化素養的在弗羅倫薩，自已還設立了學校。東方有六處，其中君士坦丁堡就有兩處，一處為拉丁人，一處為希臘人；受摩尼教二元論影響最深的達瑪提亞人教會成為法國南部清潔派教會思想的溫牀。這些清潔派教會之間，在教義上也有分歧之處。這點並不足為怪，因為清潔派信徒都是十分屬靈、強調自身獨特宗教經驗的個人主義者，再加上地方傳統不同，所受諾斯替派的影響也各有側重。但從總的說來，它的内部還是高度統一的。初期基督教諾斯替派（如馬西昂和奧利金）和其它教派的狂熱信奉者（如特圖良關於亞當的思辨），竟能在一千年以後還贏得人們的頭腦，這一點實在令人驚奇。清潔派認為世界在腐化崩潰；一個良善完美的神，決不可能創造出如此令人悲嘆的世界。因此，除善神之外必定還有一個惡神。地獄並不是永恆的，人必須經過地上的煉獄，至少經過八次重生（至多經過十六次重生）才能完全淨化。後來各種追求潔淨的激進靈性主義者，其思想都可上溯到清潔派，如加爾文的神治思想；甚至在社會革命運動中（如法國大革命時期的羅伯斯庇爾）也可以感到這種「洗淨」思想的影響。自十六直到十九世紀，法國知識界經常提到的名人中，有很大一部分都是著名的清潔派分子[16]。
淨化過程首先從《聖經》開始，採取嚴峻的批判態度看待《舊約》，結果只有十三位先知和托名所羅門所著的五本書及《詩篇》被認為是真實的。基督不是神，他與瑪利亞都是靈，其形象都不是實體。[17]因此，不存在耶穌基督「道成肉身」的問題，也不需要耶穌被釘十字架為世人贖罪的救贖理論。人類的邪惡過犯與痛苦都由於缺乏知識。這是因為世人被魔鬼弄瞎了眼睛，魔鬼這個黑暗之神，假托各種名字，諸如耶和華、巴力、丘庇特、基督教會的神，叫人們敬拜它，使人淪於被奴役的地位。人要得救，需要知道自己的由來和歸宿，也就是對真善之神的真正知識，基督就是把真知識帶到人間的教師。[18]基督死後，魔王撒但創造出魔鬼的教會，《新約·啟示錄》中所說的巴比倫大淫婦就是羅馬教會，它迫害純潔的、真正跟隨基督的門徒。這兩個教會之間的鬥爭就是真神與魔鬼的鬥爭。（後來，方濟各修道會中屬靈派及其後許多革命的靈性主義者都以此作為他們的思想出發點）清潔派在反對「魔鬼之宫」、「淫婦」、「羅馬教會」時，所創造的一套詞彙，從十三世紀起為激進的反教權主義者所沿用，直到十九世紀。
對《聖經》及教會的這種論斷意味着對現存秩序的激烈態度，它必然導致否定現存的政治權威。君王只不過是魔鬼的僕人和奴隸，因此，他們沒有資格判處別人為異端分子。華爾多派認為神把審判異端的權力託付給世俗政府，是《舊約》時代的事，到《新約》時代已不適用了。這種宗教寬容的呼聲，在歐洲首次出現。正是在這些極端屬靈、不從國教者對世俗政府的譏諷嘲笑，對不同意見應取寬容態度的主張在人們心裏立下了基礎。這時法律的威信也隨政權的威信一齊被打碎了。政權與教會以「保衛社會秩序」名義，發動討伐清潔派的十字軍戰爭，[19]清潔派譴責這是謀殺；於是對封建統治下民眾向君主、領主的效忠宣誓也予否定。在東方，波斯尼亞的鮑格米勒派教會從十二至十五世紀，還在君王、貴族、公教徒、匈牙利人、土耳其人的衝突中充當調解人，以促進和平。[20]
清潔派對世界採取全面否定的態度，勢必要求每個成員與世界斷絕交往，最徹底的聖徒還棄絕婚姻、家庭，不吃肉類、雞蛋、牛奶。他們認為動物的生命是神聖的，因為即使野蠻人也有靈魂（聖法蘭西斯愛動物，也反映了這種思想）。其中有些人住在嚴格禁慾的修院裏（聖奧古斯丁的理想也與此相近，到底說來，他曾經是摩尼教徒）。修院裏有院長，信徒生活十分貧苦，但充滿傳教熱情。他們講道解釋《聖經》（幾乎只限於《新約》部分）比羅馬教會要高明得多。他們用方言所翻譯的《聖經》和宗教文學作品，可以說是無懈可擊。這些教派中的「高貴分子」、「完美聖徒」最後都要以自殺結束生命，自殺的各種方法中，餓死是最通用的一種。由此把承認自殺合法性的思想引入西歐，到文藝復興時又由於斯多噶派思想再興起而加劇。在土魯斯，十二、十三世紀期間，許多完美聖徒就是以自殺結束生命的。
這種「純淨教會」以它的激進色彩吸引了知識界和一般民眾，它的崇拜則全部恢復君士坦丁之前初期基督教的崇拜形式。[21]因此，自一二〇八至一二二八年，對清潔派在阿爾比尚西恩戰爭中予以斬盡殺絕的一幕，產生了重要的歷史影響。正當西歐日益歐洲化並日益中世紀化的時候，同時遇上「純潔教會」，從思想上的早期基督教與諾斯替派色彩到崇拜、信徒生活的狂熱激進，這好像是二至四世紀歐洲開始誕生時的混亂狀況。今次的背境則反映在希臘—阿拉伯和拜占庭精神文化籠罩下的世界。
「純潔教會」中只有一件聖事，就是「安慰」禮，由完美聖德（Pure）把聖靈（Holy Spirit）授與信徒，使信徒得以重獲聖靈。因為他們相信，天使的地位從樂園中被謫降人間時，聖靈留在樂園之中（十六世紀以後許多關於靈性和天賦的理論都包含這個思想）。信徒未受聖靈之前，先要經過一年誨道受訓，認罪受試煉。「安慰」禮是聖靈的洗禮、堅振禮、聖我按立和終傅，一切聖禮都一次完成了。淨手、受聖靈和火的洗禮，信徒崇敬「完美聖德」，持守《信經》（Creed）、《福音書》及《主禱文》，構成「純淨教會」的莊嚴儀禮。（現在羅馬教會禮文中只有洗禮和復活節禮文中還保持古代傳統。）新皈依者受到熱烈的歡迎，稱他們是「神的聖殿的活石」，「基督的門徒」，「神的教會」，並嚴肅地教導「主禱文」的含義。在新信徒接受洗禮之前，主禮人嚴肅地問受洗人：「你是否把自己完全交託給神和福音事業？」新信徒要宣誓為此不惜受死，而後才舉行安慰禮。其中包含了基督給教會綑綁人與釋放人的權力和赦罪的權力。通過「安慰」禮，新信徒得到權力去做基督所做的一切工作，包括愛仇敵（這些古代儀禮在特圖良的著作中曾加以描述。）
清潔派的聖餐禮儀包括感謝、祝餅酒成聖、信徒分餅酒和共同會餐（愛筵）。這是三世紀中葉基督教會將「主的晚餐」（聖餐禮）與「愛筵」（信徒會餐）分開之前，教會所採取的儀禮。在禮文中有特色的是：信徒向「完美聖徒」跪求降下聖靈，和每月一次全體向「完美聖徒」認罪。從中可以看到：他們的教義與儀式既有特圖良、奥利金時代早期基督教的成份，又有埃及與波斯的影響。
這種強調靈性的禮文——完全是紀念耶穌受難，不包含天地之間靈性交往的任何觀念——成為清潔派反對羅馬教會聖事進行狂熱鬥爭中的支柱。[22]他們宣稱「聖壇上的聖事是虛偽的；彌撒和獻祭都無益處。」[23]這是虛無主義在歐洲第一次出現採取的形式——徹底的靈性主義。最初成形時，它便宣佈：上帝、神靈與地上萬物怎能混為一談！教會的彌撤、聖事、儀式和教義都是欺騙！清潔派開展了一場運動來嘲弄反對它們，特別反對敬拜十字架、聖像和聖徒。攻擊的焦點是彌撒。他們宣佈：彌撒是遲至四世紀教皇西薇斯特一世時的神甫、主教訂定的，目的是為了便於他們統治教會、盤剝信徒。因此，他們的教義、儀禮都以君士坦丁之前的早期基督教會為準。
清潔派在反對羅馬教會「無神、不屬靈、屬魔鬼的、愚蠢」的聖事、儀禮、教義的同時，其激進的靈性主義與民眾中間重物質的觀念聯結在一起。這種聯合持續到十二世紀。破壞聖像運動與仇恨富有的修道院長主教們是平行發展的。在這方面不禁令人想起克呂尼派修道院刻劃世界[24]「貪婪」、「野心」的宣傳。過激的行動容易遮蓋其思想本身的力量。清潔派深信他們掌握着真正的知識，來自聖靈的真信仰和真儀文，因此他們最後必將戰勝魔鬼的儀文，戰勝將神聖的與世上的事物混雜的官方教會。正是這種思想的傳播使土魯斯伯爵夫人愛麗諾宣稱：教皇在梵蒂崗小教堂中行彌撒禮，她將在梵蒂崗小教堂裏向完美聖徒祈求降下聖靈。
與此同時法國北方、弗蘭德斯、萊茵河流域南部和勃根第（這個地區，對歐洲思想發展的作用舉足輕重）也出現一些變化。在科隆和萊茵河一帶，神職人員對異端分子的興起無能為力，要請宣瑙的艾克伯、賓根的希爾德嘎去支援。[25]在法國北方，布呂伊的彼得（Peter of Bruys）的弟子告訴信徒：應當拆毀所有的教會，因為「神無處不在，無處不鑒察，凡真心向他祈求的，他都能聽見」，因此不需要有教堂。當時在各朝聖地，只要有各地來的香客聚集，就成為異端思想傳播的中心。一一六七年，在克萊沃的伯納號召發動第三次十字軍的維兹雷域，居民們因反對修建耗費巨大的教堂，反對羅馬教會，否認聖事功效而被逮捕。法國國王路易七世的弟弟亨利（初任博維主教，後升任海姆大主教）於一一六二年在弗蔺德斯旅行時，吃驚地發現如此眾多的異端分子，其中包括富有的領主和城市居民，他們甚至願意出錢向教會購買信仰自由的權利。
到十二世紀中葉，法國南部廣大民眾都已倒向清潔派和華爾多派。在土魯斯伯爵及其它貴族保護下，各城市享受廣泛的自由（例如，一二〇四年，阿拉貢國王承認蒙白利埃城為共和制城邦），清潔派可以自由崇拜、傳教，並舉行大會，[26]由於富有的修道院歷來都靠貴族支持，因此主教和修道院長們不遺餘力地反對清潔派，由此引起許多政治衝突。小貴族們與修道院長、教區主教爭吵，要求從信徒交納教會的什一税中分得更大的份額。修道院長與主教們不願放棄既得利益，由此導致一批倒向異端的貴族。教皇英諾森三世為此責備法國南部的主教、修道院長們，要對異端的蔓延負責。[27]在法國南部蘊積發展起來的這場大規模衝突，嚴重地影響了日後的歐洲歷史。本來，世俗貴族與教會貴族爭奪權力的鬥爭早已持續了很長一個時期，教會的巨大莊園、產業對小貴族、地方士紳構成很大的威脅。因此，迅速發展的異端運動，不僅是下層民眾對教會貴族的階級鬥爭，還有新興世俗貴族的參與。[28]清潔派運動為十七世紀法國各種貴族改革派起義反對政府樹立了一個先例、模式，這種影響持續擴散，甚至十九世紀俄國也受其影響，因為新貴族終已興起了。這些新貴族受到左翼右翼各種宗教運動的感染，受克呂尼修道院革新運動和十字軍、阿拉伯一西班牙文化的影響。許多世家顯貴都支持清潔派運動，他們對自己接受的新信仰熱誠地傳播。[29]這種精神後來又被法國雨果諾派新教徒繼承並且發揚光大。
舊教會已無力應付清潔派的挑戰。清潔派的「完美聖徒」在西班牙、法國、意大利北部到處遊行傳教，他們同時還是醫生、銀行家、大商人、小商販，因此對社會各階層都能接近；不僅對成人傳教，還對民眾的子女組織起來進行教育；不僅教育男孩子，連成衣工場裏的女孩子也加以組織教育。這些漫遊各地的「完美聖徒」成為擁有巨大社會影響力的精英分子，甚至中下層神職人員和修道僧都同情他們。主教們自己的家族也倒向異端一邊。克萊沃的伯納以及多米尼克修士們反對異端的活動並未奏效，反映出兩個陣營已不能溝通，因為思想上沒有溝通的橋樑。
教皇英諾森三世最後作出一個羅馬式的決定：宣佈以十字軍討伐阿爾比人，並允准法國北部的貴族們可以到南部自由掠奪異端分子的財產，法蘭西國王腓力普、奧古斯圖斯則可以佔有異端分子的土地。法國國王對教皇這種史無前例的恩寵是猶疑不決的。他提醒好戰到迫不及待的教皇：這裏涉及一個法律問題，教皇是否有權允准十字軍去掠奪阿爾比人的財產。[30]這場討伐戰爭還是進行了，從一二〇八年到一二二八年前後歷時二十年之久，土魯斯地區被夷為廢墟，清潔派則轉入了地下。這場戰爭以兩項政治宗教行動而告結束：土魯斯伯爵犯了鼓勵異端罪，當眾行悔罪禮；他的兒子到巴黎聖母院大教堂門前宣誓效忠法國國王。如果說查理曼大帝為征服撒克遜進行的長期戰爭是空前的，則法國國王討伐南部地區的長期戰爭可以說是繼查理曼之後的第二次大戰，從思想領域說，兩次戰爭都是為撲滅來自東方的影響，實現歐洲的思想統一。
在土魯斯地區長期鏖戰的雙方其實是我中有你、你中有我的。站在土魯斯清潔派一方的有不少是信奉羅馬公教的貴族，他們在一二一二年反阿拉伯人的十字軍中曾經英勇作戰。[31]而率領十字軍討伐南方的蒙福特伯爵，在其隨從中就有異端的祭司。[32]此外，討伐異端的多米尼克修士們所用的方法恰恰是清潔派的方法。多米尼克修會正是仿照清潔派教會建立起來的，也有自己的「完美聖徒」和「信徒」。[33]它為杜絕東方的「思想毒素」，不得不構築一套刻板的神學。多米尼克修會在後期經院哲學中進行狂熱的反異端鬥爭，也反映了它建立初期的那種思想上的焦慮不安。
無論是聖伯納的講道，西斯特西安修院的農墾擴展、教皇使節以及多米尼克本人的活動都不能夠改變南方的局勢。最後一次東西方思想的自由交流是一二〇四年，清潔派與公教基督徒公開辯論，由雙方各十三人組成一個仲裁會，主持這場宗教上的民主辯論。結果，雙方都沒有任何鬆動。一二〇五年一月，教皇派去勸誡南方悔改的特使、修道僧彼得因無力完成使命，要求返回他的修道院。一月廿六日在戰爭爆發前夕，英諾森三世傳論修道僧彼得：「行動比冥想更有價值；」[34]這句令人毛髮涑然的話比十年之後英國的大憲章更為重要，它是建立西歐以及羅馬教會的關鍵性的決定。當初由利奧一世、本尼狄克特、格列哥利一世及其後格列哥利七世等創始的羅馬教會格局，在英諾森手中完結了。西歐與拜占庭及東方教父的聯繫，若斷若續達一千年，現在終於割斷了。羅馬公教會最後否定了東方，確立起它自己是唯一的公教會。接着又建立起異端審判法庭和教會紀律制裁。教會決定通過與各國君主結盟統治世界而不再單一依靠與一個皇帝結盟；為維護救恩的地位，羅馬教會發動了聖戰，同時也發揮了大學和修道院的作用。（三個多世紀後，特倫特公會議和以公教改革對抗新教的「反宗教改革」只是重溫了教皇與法國北部王侯在反阿爾比人戰爭中的聯盟；與此同時，巴洛克文化則重振夏特的基督教文化傳統。）結果希臘文化影響下流動不居的宗教理性思辨被羅馬式的「信仰」和「虔敬」戰勝了。
德國唯心主義繼承了東方強調靈性的傳統，認為希臘人比羅馬人更為宗教化，並認為宗教就是儀禮和心靈洞觀的綜合。這個論斷是希臘文化復興的表現。它也反映了德國在思想文化上與東方的血肉關係。但是它忽視了羅馬公教會是把家庭、法庭、城市、國家都組織起來事奉上帝的一種父權秩序。「羅馬宗教概括地說，就是要人聚精會神地聽，然後認真遵行。」[35]
信仰是人與神訂立的條約，國家效忠於神，神就加以保護。國家與宗教、法律與崇拜是緊密結合的。[36]既然認為羅馬式的國家是世上最宗教化的國家，因此羅馬理當統治世界。[37]在古代社會，安全的最後保障就是：「神啊！我己經給了你，因此，我指望你也同樣多地賜福給我。」（Do, ut des）這種觀念轉化為神聖的法律嚴密體系中國家的義務和宗教的義務。國家是普世福祉的監護人，但它若不敬神，就將崩潰。[38]當初羅馬帝國時代，奧古斯督從凱撒繼承了重建古代羅馬的神聖宗教[39]這個崇高使命，他無情地鎮壓由東方侵入的自由不法宗教活動。[40]羅馬行使着父親式的權威以保護國内的神聖宗教，[41]反對東方式的破壞現存秩序的宗教活動。在十三世紀的教皇、修道院長身上，這種反對東方的權威又再重現。
教皇格列哥利七世曾認為自己無論在歷史繼承與邏輯上都是西庇歐、該撒和奥古斯督化身。這位「神聖的羅馬父親」使西班牙、英格蘭、不列塔尼、丹麥、撒克遜、波希米亞、匈牙利、達爾馬提亞、克羅提亞、塞爾維亞和俄羅斯（在一〇七五年）的基督教君主都臣服於聖彼得統治之下，都變成了他的侍臣。[42]他的目標是使全歐洲都處於統一的宗教政治體制之下，既得到救恩又享受和平。羅馬教皇作為羅馬皇帝的後繼人，要在宗教與政治領域内維護正確的普世秩序。為此採取的一個重要步驟就是設立異端審判法庭。羅馬皇帝、「異教徒」戴克里先曾用火和劍鎮壓摩尼教徒。查斯丁尼、查理曼、法蘭西的虔敬的羅伯特、[43]亨利二世、路易七世都曾引用古代法律鎮壓異端。一一八三年，教皇盧修斯三世與日耳曼皇帝腓特烈一世訂立條約，設立異端審判法庭，對異端分子進行有系統的搜捕。
皇帝歡迎異端審判法庭的建立，因為它有助於確立絕對皇權。從十二世紀末到十三世紀末，這成為拯救西歐免受東方滲透，撲滅政治爆炸於萌芽階段的最好工具。同時，也使基督教淪為羅馬式的國教。
在討伐土魯斯十字軍戰爭勝利之後，異端審判法庭正式建立，其總部就設在土魯斯。所有十四歲以上男子和十二歲以上婦女都必須宣誓斷絕與異端關係。任何人不准持有《舊約》或《新約》，無論其文本使用的是本地方言或拉丁文。居民家中可以收藏的書只限《詩篇》、《禱告書》和《向聖母瑪利亞祈禱祝文》三種（全部都是拉丁文）。一二二九年，即十字軍討伐戰爭結束後第二年，土魯斯教區會議制訂了大批禁令戒律，不准閱讀方言本《聖經》[44]，在此後歐洲思想史上造成巨大後果。繼土魯斯之後，一二三四年在塔拉果那，一四〇八年在牛津也實行了同樣的禁令。一五五九年，教皇保羅四世規定，凡使用方言本《聖經》，須經羅馬異端審判法庭批准。一五六四年，這項規定稍予變通，信徒如經本地主教批准，可准許閲讀地方語言翻譯的《聖經》。儘管這項改變經特倫特公會議通過，教皇西克斯特斯五世，克雷門八世繼續堅持批准權在羅馬的異端審判法庭。十八世紀下半葉，教皇本尼迪克特十四世宣佈，經過審批的《聖經》譯本可以自由閲讀。但到一八三六年，教皇格列哥利十六世又重申克雷門八世的規定。直到十九世紀末，歐洲的舊秩序已經消逝，一八九七年，教皇利歐十三世才確認本尼迪克特十四世曾經做出的讓步，把它寫入《公教法規》。
—二二九年，土魯斯大學成立，宗旨是對異端作戰。校訓是古羅馬的一句格言：「消減謬誤，從事教誨，並熱情戰鬥」（“Pravos extirpat et doctor et ignis et ensis”[45]）此後，大學裏就充滿戰鬥氣氛，教授們都為消滅異端大事口誅筆伐。它引起強烈抵制，以致執教的多米尼克修士一度被逐出土魯斯。一二四二年，民眾奮起殺異端審判法官，以致主教們要出頭呼籲節制。最後，異端審判法庭才得以在這地區恢復秩序，但那只是表面而已。
一二四六年，阿爾比人抵抗運動的中心蒙賽古的聖杯城堡（Castle of the Grail, Montsegur）經過五年苦戰，終於陷落。這地方原是西班牙、意大利和北方的清潔派來與法國南部弟兄們接頭的地方。在城堡陷落、清潔派成員逃散轉入地下之後，異端審判法庭的密探們到處搜捕，尋找異端分子在森林、馬廐、廢棄的鄉村屋秘密集會的地點，情況與十八世紀這地區的地下「沙漠教會」十分相像。過了一段時候，異端分子又以紡織工場、手工工場、行醫、商販等行業掩護，重新集結起來。在西班牙這樣一個不大的國家，異端審判法庭在其中製造了兩個國家：[46]一個是以卡泰隆尼亞為中心，有大批西班牙與法國清潔派、意大利華爾多派組成堅固據點的愛自由、不順從國教、支持民主方濟各教派的西班牙[47]，另一個是以卡斯蒂為中心，堅持絕對王權的地區，在那裏，聖徒佛迪南（Ferdinand the Saint）把木柴用肩扛到火刑柱下，以備焚燒異端分子。
在北方，十三世紀上半葉，在香檳省、勃根第、弗蘭德斯、胡昂、海姆、布杰、都爾和桑的廣大地區，異端審判法庭要對富裕而且有影響力的異端分子作鬥爭。當時的紀年史家寫道：「到處都是異端分子」。走遍法蘭西的異端審判大法官布格雷人侯貝爾（Robert le Bougre）竟然自己就是個異端分子，最後在皇家監獄中消失了。一二一〇年，巴黎大學發現一個小組，根據埃里金納和東方諾斯派思想創立一種關於靈性的新學說，主張聖靈每天降臨到信它的人身上。凡受有聖靈的人不需要另外再有信仰，因為聖靈已賜給他們愛心和屬靈的知識。這種關於靈性的新學說帶有某種泛神論色彩。當時在巴黎大學還有其它與此相近的信仰小組。一二五〇年左右，安特衛普成為西北歐的威尼斯，它的海港地位使它成為異端思想的重要中心，東西南北的異端分子都在這裏匯集。這個傳統使安特衛普在十六至十八世紀間成為歐洲所有不從國教者的出版中心。即便早在十三世紀，便以安特衛普為中心，形成一個聯絡網，跨過萊茵河、越過阿爾卑斯山，遠達意大利北部的威尼斯。兩個城市，一南一北，成為歐洲屬靈主義的兩大中心，遥相呼應。
在法國南部，儘管遭到二十年的十字軍討伐戰爭和三十年異端審判法庭的鎮壓，異端並未因此消滅[48]十三世紀下半葉，就在對異端嚴酷鎮壓之中，秘密的起義運動又興起了。從異端審判法庭紀錄中，這個運動的成員包括貴族、神職人員（還有一個是本尼狄克特修道院院長）、修道僧、教區職員、經師、以及大批商人、醫生、法學家、教授。有些從法國北部被派到南部對清潔派進行鬥爭的官員，最後自己也加入了異端。在黎目、阿爾比、考德和卡斯特這些城市，異端分子仍然組成有一定力量的團體。在一二八〇到一二九一年間，卡爾卡松（Carcassonne）的異端審判法庭檔案曾多次受到襲擊。在異端分子佔優勢的城市裏，連主教也與市政公所站在一起，反對異教審判法庭。在法國南部的這些地區，十三世紀後期與十四世紀間成為方濟各會屬靈派的庇護所，進行反對羅馬教廷的鬥爭。
在法國南部的清潔派「完美聖徒」，還有計劃地移居意大利。[49]清潔派成員有的負責籌款，有的負責聯絡，有的擔任嚮導，使移往意大利的聖徒得以平安通過不友好的地區，還有旅途食宿的可靠安排。目的地通常是在意大利有錢又有地位的那些異端教會。意大利興起的城市，往往成為這些異端分子的有力據點。他們在進行反對主教、大教堂執事、修道院長、親教皇的貴族時，與支持國王的一派貴族結成同盟，這在十三世紀的許多城市裏成為共同現象，由此導致不時的動亂。清潔派與華爾多派在米蘭，弗羅倫薩、艾米里亞、特斯坎尼都曾不止一次取得控制地位。[50]甚至在羅馬，有些權貴家族（如參議員布蘭卡利翁家族（Senator Brancaleone））也支持異端[51]。那些反對教皇、同情霍亨施陶芬皇朝的貴族經常成為異端分子的保護者。
意大利全國都捲入了宗教紛爭和内戰動亂中。西班牙受東方影響的自由思想家宣稱基督教和猶太教、伊斯蘭一樣，都是撒謊。[52]鞭笞派則摇擺於宗教狂熱與無政府狀態之間。動亂不已使人們甚至忘記了幾時有過和平時期。在皇帝與教皇的戰爭中，民眾備受塗炭，即使戰火還未再起，也只能生活在恐懼之中。這種局勢使人們已無從分辨正統與異端，究竟怎樣劃分，究竟誰算哪一派。許多異端審判法官本來是狂熱的異端分子，例如著名的賴尼埃·薩空尼（Raynier Sacconi）。他的同事，另一個異端審判法官殉道者聖彼得（St. Peter Martyr）出身於異端家族[53]，自己最後也被異端分子殺死。參預謀殺他的人之中，有一個是方濟各會修士；那個殺人兇手後來在一個多米尼克修院中安然去世，而修院住持就是被謀殺者的兄弟；當時人們認為殺人者與被殺者在信仰上並無二致。[54]十三世紀下半葉，一二六九年，阿曼諾·彭吉盧波（Armanno Pungilupo）死後，在法拉拉大教堂裏被尊崇為聖徒，棺材置於砌起的高台上供信徒弔念。而三十年後，一三〇〇年，異端審判法庭發現，原來他是一個異端領導人。於是把他的像搗毁，把棺材與聖台一齊焚毁。[55]這種憑一人口供就定罪的做法，在意大利延續到十九世紀。由於處在外國佔領下，外國異端審判法官推行的高壓政策，使人們要把自己的思想埋藏越深越好，表面上都是正統的或用曖昧的象徵作掩護。
方濟各運動就誕生於這些城邦、民眾都生活在異端影響的環境之中。[56]舊世界的統治階級用了一個多世紀才將方濟各會制服，但從中還不斷產生異端或半異端活動。鎮壓方濟各會引起屬靈派的反抗，成為此後歐洲思想發展中一個重要的推動力量。
自羅馬教廷樹立托馬斯主義為官方神學後，方濟各會對抗了五個世紀，直到一七八九年法國大革命，在此期間歐洲每次革命運動中都可以發現方濟各會修道士的影子。而它在十三世紀初的第一次勝利尤其引人矚目，因為這是第一次，一個從底層民眾中興起的異端運動滲入舊世界統治體系的基督教，最後流入正統派之中。[57]在中世紀官方教會裏，基督的形象本來是統治百姓的萬王之王，方濟各會卻宣揚耶穌基督是窮人的救主，飢餓貧窮的人有福了。基督並不保護君王貴族壓迫民眾，而是民眾的救主。處於十三世紀初的尖銳政治形勢下，教皇英諾森三世於一二一〇年非正式承認了這一點。一二二三年教皇洪諾留三世批准方濟各會的組織，這是意大利貧民運動經過二百年才取得的一次勝利。
當時在意大利和西歐各國，由於貿易發展和城市興起，舊的統治秩序受到嚴重威脅，正在逐漸瓦解之中。[58]十三世紀中，弗羅倫薩己擁有八十家雛形的銀行，在弗蘭德斯、意大利和法國北部出現了大型的毛纺織工場。弗羅倫薩、威尼斯和米蘭都已成為十萬人口的城市。[59]在這些城市中，民眾的生活十分悲慘，毫無保障。生活於十三世紀初年的維特利雅各布（Jacob of Vitry）把大城市形容為巴比倫怪獸、無情的獅子，撕裂吞噬着一切。[60]對外的形象是戰爭，對内的形象是恐怖。大眾的悲慘處境帶來社會和人們精神的混亂。異端分子很快就在這些城市中扎下了根。但是，聖方濟各出來教導窮苦民眾，不要絕望，而要相信上帝賜福給窮人，號召大家心靈上轉變。
華爾多派在這些城市中早已組織起自己的兄弟共濟會，它不以家族血統為基礎，而以共同的信仰作為組織原則。每一個「兄弟共濟會」（按城市行業分別組織）有十二個長老擔任領導。這種組織形式是仿效城鎮市民的組織而來。早期華爾多派和早期方濟各派之間的緊密關係是許多人所不知道的[61]。自方濟各會得到官方批准而迅速發展之後，許多華爾多派成員在遭受鎮壓時就躲入方濟各會。這時農村中的混亂也不亞於城市。意大利農村的領主，有不少甚至不是拉丁民族；對農民徵收賦税之外，農民還要納貢。方濟各會修士就支持農民抗税[62]，同時，幫助農民重建宗教信仰。這是自古代羅馬以來第一次，農民又把土地和農村生活與信仰聯繫起來。方濟各會修士的反封建領主思想是城市和農村兩方面影響下的產物。
聖方濟所要培養的一種新的「神的兒女」，他們是窮人，以神為父親，拒絕承認舊社會中的神甫，甚至與親生父親也脱離關係，而後與大自然、與一切生物、與窮人建立起兄弟關係。「把你的外衣給你的窮弟兄」，[63]這種兄弟關係對舊世界中的神聖國王、外國皇帝、貴族領主、以及農村、城市中的老爺們一概否定；但聖方濟卻要信徒們承認教皇為父親。英諾森三世正好得到聖方濟這個有用的武器來對付「純潔」教派分子。
這樣，被意大利民眾視為父親的聖方濟與他視為父親的教皇結成了同盟。聖方濟於一二二三年為格利奇歐的教會造了一個耶穌在馬槽中誕生的刻像[64]（後來喬托以此為題材畫了許多幅畫）。這一個舉動在東方和西方的教會都引起反對，因為這樣一來，神與世人就顯得非常接近了，近得令人幾乎可以摸到他。在聖方濟看來，神與世人必須如此接近。在拜占庭影響下的拉文那，東方的皇帝和日耳曼帝國的主教連耶稣在十架上受難的形象都要抹去，而聖方濟卻賦與神以嬰兒的形象，並抱在他懷中，把聖靈畫成鴿子，把這些形象到處傳播。他頌讚太陽的頌詩取代了從前把君士坦丁稱頌為太陽—國君的頌詩。他通過世上萬物來稱頌神，皇帝以天地為紋章，大主教與主教們按等級制訂各自的紋章，聖方濟甚至不是神職人員，卻竟然以神作為他的紋章。格列哥利七世重新發現保羅這位基督教靈性的大師；保羅曾勸信徒「披戴基督」。這在聖方濟身上應驗了。在阿維爾納山上，聖方濟展示了他因思慕基督而與基督受難時一樣：兩掌、兩腳、左肋都顯現傷痕，成為後來所稱的「聖五傷方濟各」。[65]
東方教會可以饒恕西方教會召開一百次公會議的「錯誤」，但卻不能容忍這一件事。[66]在東方，基督被認為是神人，十字架是凱旋的標記；耶穌被釘十字架被看作為英雄事業（往往以大力神赫丘里斯來比擬），不應為之灑淚。在聖餐禮中。耶穌的身體是「使人不朽的生命之糧」。人的目標是使自己的肉體生命轉化為神聖的靈體，猶如聖徒的遺骨已經轉化那樣。這種觀點在中世紀卡洛林—日耳曼世界中也是被接受的，道茨的羅貝爾與約翰·達瑪錫在這點上的看法是一致的。[67]與此形成對照的是奧古斯丁所制訂的西方信仰：通過基督—人到基督—神。中世紀時息斯特西安修道僧繼承了這個信條。當東西方教會分裂時，樞機主教洪貝爾把西方對聖餐的信仰基礎表述為：在聖體中顯示出基督與人的親近。
聖方濟又進了一步。他把基督作為嬰兒抱在懷裏，不惜為此承擔以基督自許的罪名。[68]由此開始了效法基督的思想。從此，做基督徒就要仿效基督所作所為，像基督一樣受苦，愛基督、活在基督裏面，也要順服教皇、服事弟兄。可以看出，這種羅馬教皇與聖方濟、並通過他與意大利人的聯合，在雙方都有其深厚基礎。在方濟各派的神學摇籃裏，聖靈的地位首次得以穩固了，因為神的靈從神子而誕生，這就構成一個思想基礎，使意大利美術從拜占庭美術中解放出來。自此以後，每一幅耶穌在馬槽—摇籃中的畫或雕像都是對東方的一次勝利。儘管聖方濟不斷被人攻擊，東方最受崇敬的聖徒墓、最大的牧首，名聲都不及聖方濟。這使羅馬教皇的地位，權威愈加提高了。
聖方濟為信仰受苦，使他被稱為「新基督」；為順從教皇，他犧牲了自己的生命工作和修會。他的自我犧牲、上十字架的頂點是他聽任教皇閹割他手創的修會，使方濟各會創立宗旨中為着安貧、愛仇敵都被取消了。在西方歷史中，這是最大的心靈悲劇。聖方濟曾要求他的修會要完全守貧服務。所有的修士都必須勞動，學會一種技藝，而不要讀書。一二二〇年，他命令波隆那修會會長（原是一位小有名氣的律師）撤銷當地修會建立的書院，他說：「我的意願是我的修士兄弟們都仿效耶稣基督的榜樣。寧去乞食也不要讀書。」為此，他詛咒波隆那修會的會長，甚至到自己快要死去時還不饒恕。他對知識分子有一種根深柢固的不信任，認為他們容易受世界的引誘，容易受東方追求屬靈思想的影響。最後，聖方濟同意從内部解散自己手創的修會，讓修士們讀書，放棄守貧的宗旨，最後把方濟各會併入舊教會政權的體制中去。
阿西昔的聖方濟深知一切城市中都充斥着驕傲、貪婪，連他自己也是一樣。為此他針鋒相對地提出守貧與謙卑，如果他不能制服自身，又怎能指望別人的皈依？聖方濟畢生對自己進行鬥爭，他知道在不斷順服教皇的外貌下，自己内心有一種潛伏的反抗。還有來自另一方面的威脅，那就是聖方濟的母親出身於普羅方斯那個異端地區。聖方濟曾接受許多異端分子加入方濟各修會，他的講道與教義也是仿效異端運動而來的。近代的方濟各會修士阿果斯蒂諾·蓋瑪利（Agostino Gemelli）[69]曾說：「聖方濟懂得異端，他把那些假師傅用以反對羅馬的一套都接過來，卻與他對羅馬的絕對順服相結合。」方濟各會自創立之後，幾年内便傳逼全歐，聖方濟知道，若不是靠他主張的謙卑順服與安貧感化異端分子，歸順的異端分子也可能脱離方濟各會，再回到異端那裏；他所吸收的異端思想與活動方式，也可能成為異端重新興起的火種。這種憂慮反映在他一再教導的徹底順服之中。他宣告：「即便神職人員迫害我，我仍然以他們為師傅，因為只有神甫才能祝餅酒成聖並分給眾人。」[70]這些新的主人以其神聖權力摧毀了古老的部落結構。聖方濟儘管承認自己在神甫面前處於兒子的地位，理當順服，但他痛苦地牢記自己獻身的宗旨：要保持貧窮、從事體力勞動。「救主啟示我」要貧窮、勞動、傳報平安的福音。「我憑着對神的絕對順服，命令所有的修士兄弟，謹防有人請求羅馬教廷賜與任何特權為此甘受公開的迫害。」最後，聖方濟把自己完全交付順服修會長，但他的見證與修會規章同時印發，宣傳開去。「對所有的弟兄們，我嚴格命令，不得違犯規章，要把規章看作是神所頒賜的」。一二二三年，教皇洪諾留三世在審批方濟各會規章時，把重要的一點：「保持貧窮」從規章中刪除。一二三〇年，教皇格列哥利九世在通諭中又宣告：聖方方濟個人的見證由各地修會組織自行決定，是否要予以遵守。在許多地方，多數修士不願遵行，竟把方濟各的見證焚毀；有時，甚至是在屬靈派的頭上焚毀方濟各的見證。[71]
在聖方濟還活着的時候，方濟各修會已經分裂。有少數人堅持追隨他到各處傳道。關於聖方濟生平的傅略，都是出自這些忠實追隨者之手，例如齊拉諾的托瑪斯（Thomas of Celano）所著《二度生命》，以及另一部著作《三個同伴》。聖方濟死後，兩派爭奪對方濟各修會的控制權，為此鬥爭一個多世紀，最後，順從舊勢力的傳统派得勝。於是，方濟各修會變成與其它修會一模一樣：有修道院，有產業，有學院，有教授，在敵對城市間謀求和平，被排擠到一個極次要的地位。
傳统派取得對修會控制權後，立即設法抹掉對聖方濟及其革命思想活動的記憶。一二六〇年到一二六三年，總會決定由總會會長波那文圖拉（Giovanni da Fidanza）撰寫一部聖方濟正傳，這部正傳發表後，以前屬靈派所寫的聖方濟傳略都要消毀。直到十九世紀末，舊秩序崩潰之後，先前被取缔的作品才重見天日，它們是由聖方濟的忠實追隨者藏在女修院擋案室裏，才得以保存下來的。
這種對方濟各會的閹割完全違反了創辦人的初衷。甚至在修會内部也遭到心靈敏銳的修士的反對，不論他們屬哪一派，有些是沉默的抵制，有些是公開的反叛。到十三世紀末，方濟各會分裂為傳統派、激進屬靈派與溫和屬靈派，十四世紀上半葉，方濟各會幾乎瀕於瓦解，分化成一些異端團體。[72]進入十五世紀後，情況一度稍見好轉，但主張恢復聖方濟原來宗旨的謹守派與向舊勢力降服的傳統派繼續鬥爭，使方濟各會内部分裂成許多小團體，除上述兩派外，又出現一個中立派。[73]對方濟各會内部的嚴重鬥爭，也不能全持否定態度，那樣做也將是錯誤的，所有這些派別都來自一個源頭，這股潮流如此洶湧，以致任何單一河道都容納不下。在方濟各會的右派、左派以及中間派的優秀分子之中，他們自己也知道，往往是相互關聯的。
正由於内部的緊張激烈矛盾，使方濟各會成為所有基督教運動中最強勁有力的一支。這個運動澆灌了西歐的民間文化，澆灌了從佩特拉克到伊拉斯謨的人文主義園地，從但丁到拉伯雷又直到吉拉德·曼萊·霍浦金斯的詩歌。由於它抵制以種族、高貴血統、教會顯貴組成的舊世界，也由於建立之初便遭受的重創，使方濟各會中的左翼產生了各種逾越正統軌道的思想，如屬靈派的「第三王國」思想，羅杰·培根的科學烏托邦、鄧·司各的哲學辯證思想以及奧康的唯名論思想（它成為馬丁路德的精神導師之一）。「馬德堡世紀」的著述家以及革命的屬靈派，直到十九世紀，都以聖方濟作為他們的先驅。
聖方濟深知自己以及方濟各修會的使命是成為「被召選的子民」，「神的僕人」，建立一個「基督的新世紀」。這是他心目中的「在神面前的民主」，但卻深深蓋着羅馬的印記。聖方濟身上帶着救主的傷痕。他豈不是基督再生，以迎接神的國度？這是他的忠實追隨者的看法，至少，他也是神的使者，新的施洗約翰，新的大衛王和先知以利亞。或是天使撒拉弗[74]。聖方濟引領所有歸依他的小修士脱離種族、高貴血統、世襲領地權力所構成的世界，使他們成為「末世的聖眾」，「新的人類」。即使波那文圖拉所撰寫的《聖方濟正傅》序言中，也反映出這種思想，認為聖方濟就是《啟示錄》中帶有活神印記的天使，他的信徒是新一代「神的子民」，將進入一個新的世代。在方濟各會内掌權的傳統派把這種歷史使命的思想斥為異端。結果這種思想被迫與約阿金主義（Joachimism）及科學的烏托邦結成同盟。它再燃起時表現為革命的靈性主義，不僅譴責被罪惡綑綁的古代世界，也譴責被罪惡綑綁的皇帝、教皇，將被聖靈之火消滅。
一二四一年，一位弗洛拉的約阿金修會的修道院長逃到比薩小修士會會所[75]，託付他們代為保存約阿金的著作，因為懼怕敵基督的皇帝腓特烈二世即將搗毀他的修道院。比薩的小修士們把約阿金的末世論與他們自己的這方面思想結合，把約阿金所發起的第三會組織起來。由此，聖方濟成為聖靈「第三王國」的先驅了。這些日耳曼領主在意大利的高壓統治，使約阿金的歷史觀的熱情與方濟各會屬靈派的激進思想結合起來。其中又對腓特烈二世有着的共同恐懼，但對意大利民眾卻懷着共同的摯愛。它們最後站在一起，深怕末日到來，但又盼望着一個新時代的來臨。這是貫串中世紀的歷史觀的兩方面表現，都以上述兩個教派來抗拒日耳曼皇帝的可怖怪影。這個皇帝已在耶路撒冷把世界的冠冕戴在自己頭上，並通過他的樞密大臣之口，僭佔了所有的神聖頭銜——世界之主、聖靈敷油的王、和平正義統治的旗手[76]。而在方濟各會屬靈派看來，這些頭銜只有基督、教皇和聖方濟才配得上。意大利的方濟各會第三會信徒們為抵制新的神一人組織了政治抵抗運動。[77]維特波的玫瑰聖女（St. Rose of Viterbo）在街頭、廣場講道，反對腓特烈二世，要求給教會和城市公社以自由，這是聖女貞德的先行者。若沒有方濟各運動就不可能出現聖女貞德。[78]
早在一二二八年，而後又在一二三九年，神聖皇帝被教皇革除教籍。一二四五年在里昂舉行的公會議宣佈皇帝是異端分子。腓特烈二世的外交使節超過教皇權威，呼籲召開一次有普遍代表性的公會議，結果未成。但已預示着未來的歐洲各國國王建立不受教皇干預的獨立國家的新時代。導致神聖皇帝倒台的是在他統治下的各國，這些國家的代表在里昂公會議上，首次作為國家代表出現。[79]他們在思想上得到法國經院哲學的支持，在社會基礎方面，得到法國和意大利民眾運動的支持，教皇烏爾班四世（Urban Ⅳ）得到法國以及意大利教皇黨支持，完成了教皇格列哥利的未竟事業。[80]古代民族世界的政治權勢垮台，為後來英國國王查理一世、法國國王路易十六上斷頭台鋪平了道路。在這個史無前例的政治權勢垮台的過程中，方濟各會屬靈派的革命起了鬆土的作用。他們宣告：唯有基督才是天地之主。
里昂公會議之後隔了十年的一二六五年，接着又在一二六〇年，羅馬教會對比薩的小修士（Friar Minor of Pisa）、來自博戈·聖東尼諾地方的吉拉迪諾（Gerardino of Borgo San Donnino）進行譴責[81]。約阿金影響下的屬靈派把一二六〇年作為進入聖靈新時代的第一年。當時皇帝雖已死去，但自由、貧窮、仁愛的新時代卻還未到來。相反地，方濟各會卻又被牢牢地納入舊世界的體系中去；凡是謹記聖方濟教誨的修士都遭受迫害。這個靈性運動由此進入第三時期，它的活動中心在普羅方斯、特斯坎尼和瑪契斯一帶。它與羅馬公教會内主張改革的信徒運動結成聯盟，在地下的華爾多派、阿爾比尚西恩激進派也愈來愈多地參加進去。吉拉德早已把弗洛拉的約阿金的著作稱為「永恆的福音」，它要徹底粉碎教會與世界的舊體制、舊秩序。
正是這時候，出身於蘭居道克的彼得·約翰·奥利維（Peter John Olivi）在著名的異端活動中心白齊埃參加了方濟各修會，並着手發展屬靈派的歷史觀。（奧利维受到教會的多次譴責，一二九八年在那蓬這個西班牙、阿拉伯、猶太、阿爾比尚西恩思想活動中心去世。）奧利维寫信給拿坡里國王查理二世的兒子以及稍後在他關於《啟示錄》的講道集裏，把世界歷史分成上帝拯救世界的三個時期：聖父王國時期、聖子王國時期、聖靈王國時期。[82]奧利維在著作中寫道，每當一個新時期來臨時，總會伴隨着苦難和迫害。聖靈的「第三王國」是由屬靈派教會帶來的，羅馬教會迫害它，就表明自己是敵基督[83]。奧利維和當時的許多教派分子一樣，並不認為羅馬教會從一開始就是墮落敗壞的，清潔派認為自君士坦丁時起，教會便已墮落；十三世紀的屬靈派則認為是貪婪的教皇、封建領主化的主教與愚昧庸俗的神甫使教會墮落成新巴比倫，被權勢財富所奴役，把貧苦的聖方濟踏在腳下。但聖方濟是「新人」，將憑新的福音統治全地；他的教會要在末世中成為保全選民的方舟；聖方濟是《啟示錄》中的天使，根傳活神的話語，他是第二個基督，充滿屬靈的能力，是新人類的領袖，所有屬靈人的旗手，他將使大業圓滿完成。
這種歷史觀以及經過苦難得享榮耀的說法，在確信末世即將來臨的思想背景下，更給人以崇高感覺。隨十三世紀的進程，迫害不斷加劇，奥利維的樂觀主義逐漸黯淡。屬靈派開始另一種說法：以為「披戴基督」，就要重蹈基督的苦難。真正屬靈的教會在眾人面前流血，就是在暗中開花；而羅馬教會則終於表明它就是敵基督。在法國南部和西班牙東北部的卡塔隆尼亞，屬靈派和許多老百姓開始崇拜奥利維，甚至超過對聖方濟的崇拜。被異端審判法庭處死的屬靈派成員都在屬靈派内部列為殉道聖徒。一三一八年，教皇約翰廿二世時，在馬賽處死了四個方濟各會修士，他們被尊崇為「公教光榮殉道聖徒」。十四、十五世紀在普羅方斯的屬靈教會和殉道聖徒崇拜為百餘年後法國雨果諾派新教徒的興起準備了土壤。
在意大利，多契諾修士（Fra Dolcino）的歷史神學同樣相信世界的終結，把末世論與社會烏托邦主義結合起來，這成為他的思想特色。[84]他的教派由於羅馬教廷拒絕改革，便寄希望於阿拉貢家族（House of Aragon）的新皇帝；徹底更新世界、教會與社會。當教皇卜尼法斯八世宣佈一三〇〇年為聖年時，民眾認為這將成為萬象更新的新時代的開端。這個以多契諾修士為中心的宗教性民眾運動竟成為一種模式，後來屬靈派（如米迦勒·西賽那[Michael Cesena]和奧康）分子投奔巴伐利亞國王路德維希（Emperor Ludwig of Bavaria）；再以後，威克立夫、布拉格的哲羅姆和胡斯的思想也可以說是導源於此。這種政治烏托邦主義由弗洛拉的約阿金開始，經方濟各會屬靈派繼承，傳到坎帕奈拉與維柯。十三世紀後期，屬靈派在西西里王國首都拿坡里的諾曼宫廷庇護下尋求新的政治聯盟，終於走向民眾起義、追求科學烏托邦、主張社會改革與國家權力；當時他們提出：「打倒教皇！打倒神甫！致力打倒神甫的國王萬歲！」他們寄希望於社會，希望通過社會改革實現聖方濟的理想（它已被方濟各修會所閹割），改革整個基督教會。
這些聖方濟的忠實門徒為傳播他們的主張而到處奔走[85]。他們形成了自己的新十字軍，移居到俄羅斯、近東、印度、中國。普拉諾·卡庇尼的約翰遠行到卡喇崑崙，抵達韃靼大可汗的宫廷。這時方濟各會修士遍及伏爾及河、波斯、印度、中國。這些傳教士往往是屬靈派成員，他們在歐洲故鄉已經無法立足，於是抱着與當年阿伯拉同樣的心願，逃避開舊世界的壓迫，遠走異教國家，在那裏倒還能夠按照基督徒的信仰去生活。有的歷史家認為，這些方濟各會傳教士究竟是傳統派或屬靈派，還難以認定。[86]但不容否認的事實是：正是在屬靈派遭受嚴重迫害的時候，出現了方濟各會修士到遠方傳教的第一次高潮[87]，他們成為其它方濟各會修士效法的榜樣。我們還知道的另一點是：華爾多派及清潔派也追隨這些方濟各會傳教士之後，甚至一起到遠方去傅教。被迫害的屬靈派教會中有一位歷史家安杰羅·克拉瑞諾於一二九九年與方濟各會修士一同到阿美尼亞去傳教，很難設想，他會願意與傳統派結伴同行。比較容易理解的是，十三世紀末屬靈派對現實社會的失望使他們把目光轉向遠方，而往遠方去傳教。羅杰·培根和拉蒙·魯爾對到遠方傳教的修士兄弟們表現出十分關心[88]。對現實社會失望的方濟各會屬靈派，或走向遠方，或遁入對自然世界的探索，這兩種表現在根本都是對現實宗教意識的失望。
方濟各會修士對自然科學的探究是逐步發展的。初期中心之一是在法國東南部土隆附近伊瑞的方濟各派修道院，原來是普羅方斯地區約阿金主義思想的中心。就在那裏，狄涅的雨果（Hugo of Digne）團聚了一批醫生、法官、公證人等受過教育的人士，一起研讀《聖經》和約阿金的著作[89]。這些熱誠的信徒，由於受過知識教育和自由思想薰陶，引起方濟各會修士探究自然奥秘的興趣。彼得·約翰·奥利維既是一個歷史神學家，又是一個科學家。在他的時代，他首先提出：高級的知識來自感官經驗。他關於動力和物體惰性的學說是走向現代力學的第一步[90]。在他之前和在他之後許久，中世紀拒不接受物體運動的意義；它像歷史進步的觀念一樣，被認為是邪惡的，因為它與上帝絕對完美的觀念相矛盾。奧利維卻接受這些思想，因為方濟各會屬靈派相信聖靈的作用，在這一點上突破了中世紀的正統觀念。方濟各會修士對科學的觀念是以拜占庭—希臘、阿拉伯、猶太三個文化圈構成的精神世界為基礎的，以人間的眼光看待自然世界和抨擊皇帝自命為神聖不可侵犯，這都是對古老世界的進攻。屬靈的人是新人，能理解萬事，因此也敢於以實驗去探究自然的奧秘。
這些思想對當時的正統觀念提出了三方面的責難：第一，在思想上，它反對阿奎那經院哲學築起的宇宙秩序神聖不可侵犯的圍牆；第二，在政治上反對羅馬教廷為首的政治體制與權勢；第三，在精神上反對愚昧無知的人擅自專權。奧康代表了政治上的抗議；培根和維拉諾伐的阿諾德（Arnold of Villanova，培根的學生）代表了科學上的抗議；拉蒙·魯爾則致力於把理性與宗教經驗這兩個世界協調的工作。
在羅杰·培根身上，屬靈派對未來的熱情轉向科學方面，意味着受聖靈充滿的人能通過科學的真知識更新世界。[91]這位英格蘭修道僧為從事科學研究，甘願放棄在教堂裏可以享用的俸祿，他在牛津的研究遭到西班牙學生的嘲笑，最後還被方濟各修會的正統派會長把他監禁。對培根來說，阿拉伯—猶太—基督教的南方是孕育科學的地方，從中帶來救贖。在這裏，數學、星象學、聖經批判研究（剔除錯謬的解釋）、語言學、神學與自然科學雜然共存。這位百科全書式的方濟各會修士，在《大著作》、《小著作》中，不時援引阿拉伯一猶太「教父」的著述，在《哲學大綱》中援引了三十多位伊斯蘭和猶太學者的著述。
培根的《大著作》包括了當時所知的各學科知識，他希望這些知識能有助於傳教事業。他讀過魯布魯克的威廉（William of Rubruck）所著有關方濟各會修女傳教的行紀，曾向教皇籲請，要到全世界去傳教（培根曾繪製過一幅世界地圖，標出從西班牙到印度的海路；經過艾黎的彼得（Peter d'Ailly）傳到哥倫布手中。這幅世界地圖後來佚失）。當時的教皇克雷門四世未當神甫之前曾在異端思想流行的南方長期生活，當過兵，做過律師，後來任聖路易的秘書，在妻子死後才當神甫，任那蓬總主教，一二六五年成為教皇。他很重視培根的科學研究工作，曾不顧方濟各會總會長對培根的禁令，指示培根把科學研究中的發現向他秘密報告。培根稱克雷門四世為「天使教皇」，把自己的著述獻給教皇指望克雷門四世能更新教會，支持科學的淨化和神學的解放。[92]在統治階層看來，科學知識有助於治理國家、在戰爭中取勝、延長人的壽命，這一切都有利於基督教國家對異教徒的鬥爭。[93]為使異教徒接受基督教，靠知識和智慧比靠武力征服與暴力鎮壓顯然代價小，收效大，而且能夠持久。[94]培根深知討伐異端戰爭和異端審判法庭取得的勝利只是暫時的；他也恨惡巴黎的經院哲學，那只不過是驕傲自恃的空談，但卻曾戰敗他的領主，和他的精神導師聖方濟，其實無論就知識與道德、靈性，巴黎的一套都遠遠不如南方。[95]
培根對時代的批判和他的科學研究、神學改革是互為因果的。他寫道：從大學的外表和活動程度來看，這是一個學問突飛猛進的時代；而其實一切都處於腐朽、無知和衰敗之中。[96]腐朽的根源在於它的最高領導，就是羅馬。羅馬皇帝制訂的教會法與世俗羅馬法把羅馬教廷導入了歧途，羅馬是由驕傲、貪婪、嗜慾和饕餮所統治的。各種新老修會也都隨之腐朽。無論是巴黎牛津或其它地方，神職人員彼此爭權奪利，還煽動教徒墮落到爭戰和罪惡之中。信徒也一樣腐化，與神職人員之間已不再是一種信仰的關係。[97]基督徒在品德上還不如異教思想家，這是他們在思想、科學上落後於異教世界的根本原因。「許多賢明的人都相信……敵基督將在目前這個時代到來，因此要鏟除邪惡，使神的選民得以彰顯出來。」[98]
培根確信基督教世界的徹底淨化必將來臨，惟一不能確定的只是神要使用甚麼方法。是用教皇、君主（像用約阿金派成員和弗拉蒂契利充當神的杖那樣）？或借韃靼人、阿拉伯人或其它東方民族之手來打擊這腐化的教會？培根認為：現實世界中的種種腐敗是因為人污損了神的清明智慧。這種污損褻瀆（從教皇格列哥利七世與樞機主教洪貝爾之後，所有的改革派都以此作為思想的出發點）既有宗教的含義，又有社會的含義。
巴黎的神學家們，侈談哲學，而且只是鑽研字眼，玩弄辭句，忽視真正的知識，即對自然世界的認識。巴黎還頑固地堅持以錯謬的舊版《聖經》作為根據進行聖經研究，以致不能真正懂得《聖經》的含義。[99]對《聖經》、古代語言的研究，往往對一個字的理解就以為是對教會全部歷史的理解。[100]
培根要想知道末世幾時到來，並且促進世界的淨化，使末世早日到來。他不僅求助於屬靈派的歷史觀，在著作中不時引用，而且運用自然科學支持他的觀點。自然是神的作為的工具（Natura est instrumentum divinae operationis），因此，獻身自然科學就是獻身於研究神的作為；從自然之中能找到鑰匙去進入時間與歷史、教會與上帝的奥秘。甚至星象學，自十三世紀以後也由預言未來而轉入到實際的天文科學研究，期望從科學中弄清楚世界歷史的進程，從而也弄清楚世間宗教的進程，包括基督教的進程在内。[101]這樣，歷來被基督教視為大敵的古代以及阿拉伯—猶太星象學在西歐開始有了合法的地位。從十二到十八世紀，不信基督的星象學家從天宫圖、占星術中預言人世的興衰，包括基督教及其它宗教的興衰。這種思想傳統在西歐立足後，影響深遠，直到斯賓格勒和尼采。培根的原意是運用自然科學知識和對《聖經》中末世的理解，找出伊斯蘭沒落的時間，並運用天文學來修訂曆法。他悲嘆教會缺乏學識，因之不能進行改革，甚至拖延到被異教哲學家嘲笑基督徒無知，連時間運行都說不清楚。
培根認為，一切真誠追求知識、智慧，獻身科學研究的人都是有靈性的人，而且自初期教會起就遭受迫害。一部世界歷史就是這些人的苦難史[102]；以他自己的一生來說，像是聖方濟、奥利維和安杰羅·克拉瑞諾所受苦難的縮影，想從無知的黑暗中拯救罪惡世界，而結果一切努力都成為徒勞。這種尋求精神上的更新成為後來啟蒙運動興起的先聲；方濟各派對舊世界的反叛也迎來了人文主義者改造世界的努力（後來許多方濟各會修士都對人文主義、耶穌會和啟蒙運動持歡迎的態度）。對末世的期待演變為精神上與科學上的樂觀主義。所有的科學應該用以解釋《聖經》，使教會通過對《聖經》的正確認識恢復初期教會的聖潔，使教會與世界得享和平。在科學技術方面，近代燒製玻璃的成功，被認為真是神的恩典。[103]靠神的恩典，技術成就的奇跡能夠和古代社會的魔法世界相抗衡。培根曾在一封信中談到技藝來自神，而法術則是假的。[104]培根不能算作現代意義所說的科學家；他做的科學實驗不多[105]。在當時，實驗就意味着施行法術，是魔鬼對人的引誘。[106]培根對自然科學與魔法之間的界限是不清楚的。如果野鹿、蒼鹰和虺蛇出沒山石草叢之間能維持生命，人為甚麼不能自己去尋找長生不老藥呢？[107]他對未來科技的展望包括無槳的船、汽車、飛機，也包括用法術逃出監牢、在水上行走、使一個人離不開另一個人等，其中既有法術、又有帶法術性質的技術科學和聖方濟想像中的控制世界。任何屬靈的人只要有聖方濟那樣的靈性，就能做出聖方濟所行的神跡。因此，他們期望見到異象，就是烏托邦的出現，在其中，靠神的靈，使屬靈人能成為自然世界的主人。
培根的弟子維拉諾伐的阿諾德約（Arnold of Villanova）於一二三八年出生於卡塔隆尼亞。培根正是在這一年被剝奪了所受的教皇庇護而被監禁。阿諾德成年後的活動，由於擔任宫廷御醫，因而得到國王、教皇保護，免遭異端審判法庭迫害。他體現了培根夢寐以求的普世知識。自從在拿坡里獲得學位以後，他以醫生、煉金術家、星象學家、外交官、社會改革家、歷史家、神學家的多重身份往返於巴塞羅那、蒙帕利埃、巴黎、羅馬之間。培根所醉心的三個文化圈下的世界，正是阿諾德游刀其中的世界。他把阿拉伯著作譯成拉丁文，毫不費力。和所有的屬靈派一樣，阿諾德既反對教權主義，又反對官方的阿奎那神學，為此寫了著名的《反多瑪派的真理之劍》。他力圖挽救屬靈派對正統信仰的憧憬，為此，也像培根一樣寄希望於一位天使教皇出來更新教會、社會、世人和整個世界。[108]阿諾德的歷史觀介於賓根的希爾德嘎和追隨培根的帕拉塞爾蘇之間，他指望靠醫學和化學能使人返老還童，並且屬靈化。這樣，他就能夠進入聖靈的第三王國；方濟各派所盼望的世界更新，也將靠科學而得以完成。他毫不容情地猛烈攻擊神職人員控制的教會是敵基督的化身。後來的時代曾回到他的思想中去尋求反教權主義的武器彈藥。[109]
另一位方濟各會第三會修士拉蒙·魯爾（一二五三至一三一五）也來自卡泰隆，也是方濟各會啟蒙運動的一位代表。他和聖方濟及伊格納修一樣，決志為基督征服世界。「他的足跡遍及羅馬教廷、巴黎大學的演講廳、法國和德國王侯的宫廷，以至北非城鎮的街道、廣場；甚至還可能到過亞洲」[110]，以求獲得並且傳授知識。他以方濟各會的真精神使基督教與三個文化圈下的世界協調起來，因而影響了庫薩的尼古拉、皮柯、貝薩里翁、喬達諾·布魯諾、格桑迪、 萊布尼茨以至日耳曼全境。[111]在西班牙，他的影響延續迄今。他把理性精神與信仰、神秘主義與智力主義、民間文化與知識分子的生活結合在一起。在精神上，魯爾屬於十二世紀的開放世界、屬於夏特那種勇敢的理性主義陣營，和黎葉的阿蘭、亞眠的尼古拉一樣，他的一生使人感到若是理想不受摧殘的話，世界將會有巨大的發展。一二七二年，魯爾在朗達山遇見異象的宗教經驗和聖方濟在阿維爾納山的經驗、笛卡兒的夢境，恩斯特·馬赫有一次在草地上的瞬息經驗都頗相像。他深信自己窺見了存在的奥秘：有一種邏輯完整的普遍科學，它的基本原則足以論證包含各種知識的真理，連同信仰本身在内。在古代世界中，皇帝手中掌握着聖靈。中世紀時期，教皇宣稱他控制着聖靈活動的領域。現在，這種權力則掌握在屬靈人手中了。
每一種思想，包括一切知識的思想邏輯體系，從阿爾古因到馬克思，都要尋求皈依者。靠十字軍式的武力是無濟於事的，於是只有靠大科學來贏取不信者。自然科學正好擔當起這個使命。魯爾諳悉阿拉伯文。他一本羅杰·培根的精神，主張在西方各基督教國家建立學院，其中以學習阿拉伯文、希伯來文和希臘文作為基礎學科。自十二世紀在托萊多、西西里、普羅方斯建立的翻譯學校得到擴充。魯爾的博學和靈性使他成為「熱愛對手——伊斯蘭——的一人」。[112]他渴望過去在三個文化圈交相影響下在東方進行的那種討論得以繼續。一二七二到一二七三年間，他以阿拉伯文寫作的《與外邦人談話錄》中，叙述一個猶太人、一個穆斯林和一個基督徒都向一個異教徒闡述各自的信仰，何以優越於其它宗教信仰。一二七六到一二七八年間，他又在蒙白利埃寫《聖靈之書》，其中叙述一個希臘人和一個拉丁人在穆斯林面前進行辯論。一二八五年他又寫《一個韃靼人與基督徒的對話》，在羅馬發表，書中的蒙古人向猶太人、穆斯林和基督徒詰難；基督徒對其它宗教都抱一種尊重的態度，表明承認其它宗教也有它們的價值。
羅杰·培根曾經熱切希望，年輕人能學習他使用的科學方法。魯爾對教育也十分關心。一二七五年，他為兒子多米尼克寫的書中表明，他希望孩子不僅懂得基督教，還懂得猶太人、穆斯林的世界。在他看來，整個西方基督教世界都應重新教育，使人們睁開眼睛看到外國的瑰麗世界。他所寫的教育小說《勃朗凯納》（Blanquerna）中，描述了韃靼、土耳其、格魯吉亞與非洲埃塞俄比亞，並首次在歐洲人書中描述了穿過蘇丹的旅行。一方面向東方傳教，一方面對西方進行科學和宗教再教育。就是這樣，魯爾把屬靈派心目中的世界推進一步，迻譯成宗教知識分子信徒的語言。當時的其它社會改革家寄望於各國和普世性大公會議，魯爾卻憧憬着一個類似國際聯盟和國際法庭的組織。[113]魯爾也像培根一樣，認為只有教皇才能把世界結成一體，因此他的小說中把教皇作為小說主旨的代言人。
魯爾的一生，不斷摇擺於多米尼克修會和方濟各修會之間，他想把多米尼克修會所強調的知識與方濟各修會所強調的仁愛聯結起來；但他的根本動力還是來自方濟各會屬靈派。他對巴黎大學的發展感到驚惶，認為在他生活的世紀結束之時（一二九七至—九八年），巴黎大學將淪為無神論者、阿維洛斯主義者及講求智識的地方。魯爾一方面以阿奎那的亞里士多德哲學反對阿維洛斯，同時又以方濟各會的精神去愛大眾。他和同時代的艾克哈特都堪稱為中世紀以方言著述的偉大作家，他還是卡泰隆的傑出人物。他在著述中提到伊斯蘭神秘主義派別——蘇菲主義的溫柔的靈性主義，與他所受聖方濟思想的薰陶融合在一起，使他不僅愛兒童，愛大眾，而且愛他的論敵；在世界中對立的兩方面，統一起來了。這使他成為庫薩的尼古拉和萊布尼茨的先驅。
- [243] 特倫特公會議（Council of Trent，1545-1563年間），羅馬公教會在特倫特舉行三次會議，以反宗教改革精神，制訂羅馬教會教義，加強組織。
- [244] 多瑪主義（Thomism），托馬斯·阿奎那的神哲學體系，嚴格區別理性與信仰，認為教義的基礎在信仰而非理性，但又不與理性相矛盾。經過一段爭議後，被羅馬公教會接受為官方神學。
- [245] 雨果諾派（Huguenots），十六世紀法國南部興起的新教教派。法國加爾文宗新教徒，於十六世紀下半葉與法國天主教徒作戰三十六年，後新教徒亨利四世即王位，雙方達成和解。
- [246] 阿列克西斯（Alexis I Comnenus， 1048-1118），拜占庭皇帝（1081-1118）。靠拉丁十字軍支援，打退諾曼人與土耳其人進攻。
- [247] 烏爾班二世（Urban Ⅱ，約1042-1099），教皇（1088-1099在位），第一次十字軍發動者。
- [248] 指1204年第四次十字軍攻佔君士坦丁堡，建立拉丁君士坦丁堡帝國，自1204至1261年以君士坦丁堡為其首都。
- [249] 波斯尼亞（Bosnia），巴爾幹半島西北部。
- [250] 黑塞果維那（Herzegovina），前南斯拉夫西南部。
- [251] 達瑪提亞人（Dalmatian），巴爾幹半島西北部。
- [252] 巴力（Baal），腓尼斯神祗，古巴勒斯坦的迦南民族奉為司土地肥沃，牲畜繁殖的男神。
- [253] 丘庇特（Jupiter），羅馬神話中大神，相當希臘神話中宙斯大神。
- [254] 阿爾比尚西恩戰爭（Albigensian War），阿爾比尚西斯派約1200年左右在法國南部阿爾比地區興起。教廷於1205年創立多米尼克僧團，與之鬥爭，而後又宣佈進行十字軍討伐戰爭。
- [255] 聖事，中世紀基督教會有七件聖事，即洗禮、堅振禮、悔罪、聖餐、婚禮、聖戰、終傅。
- [256] 堅振禮，羅馬教會傳統，嬰兒出生後受洗，到十五六歲再舉行一次堅振禮，表明本人信仰堅定。
- [257] 聖我按立，包括一般神職人員的受職及主教被祝聖。
- [258] 終傅，羅馬教會傳統，信徒臨終前向神甫懺悔認罪，由神甫為之禱告敷油，赦免畢生罪過，平安離世。此儀式稱終傅。
- [259] 見《新約·馬太福音》16章17-19節耶稣對彼得所說的話。
- [260] 即君士坦丁大帝開始支持基督教之時。
- [261] 博維（Beauvais），巴黎西北城市。
- [262] 海姆（Rheims），巴黎東北一城市，以大教堂著名。
- [263] 西庇歐（Scipio），公元前185-129年，羅馬著名將軍。
- [264] 戴克里先（Diocletian，245-313年），羅馬皇帝（284-305），於303年鎮壓基督徒。
- [265] 虔敬的羅伯特（Robert the Pious，約865-923年），法蘭西國王，922-923年在位。
- [266] 塔拉果那（Tarragona），西班牙東北部巴塞隆那西南海港古城。
- [267] 西克斯特斯五世（Sixtus V， 1521-1591），教皇（1585-1590年在位）。
- [268] 卡泰隆尼亞（Catalonia），西班牙東北、地中海沿岸地區。
- [269] 香檳省（Champagne），法國東北省份舊名。
- [270] 胡昂（Rouen），法國西北部城市。
- [271] 布杰（Bourges），法國中部城市。
- [272] 都爾（Tours），法國西部城市。
- [273] 桑（Sens），法國城市。
- [274] 黎目、阿爾比、考德和卡斯特（Limoux，Albi，Cordes，Castres），法國南部城市。
- [275] 市政公所（town councils），歐洲中世紀後期，以商人與新興貴族為支柱的新興城市中，往往由他們（在市中心廣場旁）建立市政公所，管理貿易與公共事務，逐漸發展為地方政權。
- [276] 親教皇的貴族，中世紀後期意大利貴族分裂成親教皇與反教皇、支持國王的兩黨。
- [277] 艾米里亞（Emilia），意大利北部地區名，在米蘭以南。
- [278] 特斯坎尼（Tuscany），意大利西北地區名，在艾米里亞以南。
- [279] 鞭笞派（flagellants），中世紀後期盛行於意大利的苦修派，以鞭笞自己作為苦修方法。
- [280] 洪諾留三世（Honorius Ⅲ），在1216-1227年間任教皇。
- [281] 喬托（Giotto，約1267-1337），弗羅倫薩畫家，以其對世界對人的廣闊視野及造型的逼真，被尊為近代繪畫創始人之一。
- [282] 拉文那（Ravenna），意大利東北海港城市。五世紀時為西羅馬帝國首都，五世紀末成為東哥特王國首都；八世紀中由丕平三世將之賜與教皇。
- [283] 約翰·達瑪錫（John Damascene），東方修道僧，不詳。
- [284] 指人間世的神學地位提高，藝術家能更多表現人間生活。
- [285] 拉伯雷（Rabelais，約1494-約1553），法國神甫、作家、學者。在其著名諷刺作品《高剛大與潘塔古埃》中譏諷修道僧，而推崇人文主義理想。
- [286] 吉拉德·曼萊·霍浦金斯（Gerard Manley Hopkins，1844-1889），英國詩人、天主教神甫。死後三十年，其詩方由友人予以發表，被認為十九世紀最有創造性的詩人之一。
- [287] 屬靈派的「第三王國」思想，中世紀以世俗國家為第一王國，羅馬教會自認為在 世俗國家之上的第二王國。方濟各會屬靈派認為羅馬教廷已世俗化而墮落，將由他們繼承教皇，建立屬靈王國。「第三王國」指此。
- [288] 鄧·司各（Duns Scotus，約1265-1308），蘇格蘭人，方濟各會修士，哲學家。在牛津、巴黎執教，批評亞里士多德哲學，也不同意阿奎那某些論點特。
- [289] 奧康（Ockham，約1285-約1349），英格蘭方濟各會修士，唯名論哲學家。主張區分信仰與理性，批評教皇政治權力，主張政教分離。
- [290] 小修士（Friars Minor），方濟各會修士的別名。
- [291] 腓特烈二世（Frederick Ⅱ，1194-1250），神聖羅馬皇帝（1220-1250）、日耳曼國王（1212-1250）、西西里國王（1197- 1250）。其西西里宫廷曾吸引猶太、穆斯林及基督教學者，為第六次十字軍領袖。與倫巴聯盟與教皇長期爭戰，1239年被教皇革除出教，1248年戰敗。
- [292] 第三會（Third Order），修道會一般由男修士組成。有些修會接受女修士，另立第二會，方濟各會還接受普通信徒加入，另立第三會。
- [293] 聖女貞德（Joan of Arc，1412-1431），法國東北部農村姑娘。在英法百年戰爭中，應聖徒感召，率軍與英軍作戰，解救奥爾良之圍。後被勃根第人捕獲售與英人，以異端巫術罪被燒死，被法國尊為民族女英雄。
- [294] 瑪契斯（The Marches），意大利半島東側中部地區。
- [295] 蘭居道克（Languedoc），法國南部土魯斯王國所在地區。
- [296] 白齊埃（Beziers），法國南部繭居道克地區靠近地中海一城市。
- [297] 那蓬（Narborme），法國南部蘭居道克地區靠近地中海一城市。
- [298] 聖年（Holy Year），教皇卜尼法斯八世（Boriaface Ⅷ）為樹立教皇高於國王的權威地位，宣佈1300年為聖年，號召各國信徒於聖年到羅馬朝聖，可使所犯大罪均得赦免。於是成千上萬信徒湧往羅馬，卜尼法斯藉此顯示其群眾威信與政治實力。但1303年法國國王將卜尼法斯八世逮捕，並動員法國神職人員控告卜尼法斯八世犯異端罪。自此，民族國家開始在法國、英國興起。
- [299] 布拉格的哲羅姆（Jerome of Prague，約1370-1416），波希米亞宗教改革家，受威克立夫影響。在1415年康斯坦斯公會議中袒護胡斯，被判為異端，被以火刑燒死。
- [300] 普拉諾·卡庇尼的約翰（John of Plano Carpini），元朝抵達中國的方濟各會修士。
- [301] 安杰羅·克拉瑞諾（Angelo Clareno），在著述中描述方濟各修會所受迫害及當時大眾所受的苦難。
- [302] 拉蒙·魯爾（Ramon Lull，約1235-1315），西班牙哲學家、神學家，從事經院哲 學研究，又追求神秘宗教經驗，被尊稱為「普照博士」（Doctor Illuminatus）。
- [303] 土隆（Toulon），法國東南部瀕臨地中海的海港城市。
- [304] 伊瑞（Hyrees），法國東南部瀕臨地中海小城，在土隆迤東。
- [305] 斯賓格勒（Oswald Spengler，1880-1936），德國哲學家，在所著《西方的沒落》（兩卷，1918，1922）中，分析西方政治、藝術等，預言西方文明的沒落。
- [306] 尼采（Friedrich W. Nietzsche，1844-1900），德國哲學家、語言學家、詩人。分析工業時代的文明衰退與現代人的困境，對二十世紀西方思想有巨大影響。
- [307] 帕拉塞爾蘇（Paracelsus，1493-1541），瑞士醫生、煉金術家、自然哲學家。在文藝復興時期以反對蓋倫及阿維森那醫學理論而著名；既提倡近代科學精神，又以之與新柏拉圖派泛神論思想相結合。
- [308] 伐尼·皮柯（全名為Giovanni Francesco Pico della Mirandola，1463-1494），意大利人文主義者，哲學家，以在哲學及語言方面淵博知識成為文藝復興時期學者典型。所著《論人的尊嚴》成為文藝復興時期人文主義精神的宣言。1487年判決為異端，幸得賴勞倫佐·梅迪奇保護而未被處死。
- [309] 貝薩里翁（Bessarion），十四世紀到意大利的拜占庭柏拉圖派學者，將亞里士多德的《形而上學》譯成拉丁文。
- [310] 喬達諾·布魯諾（Giordano Bruno，1548-1600），意大利文藝復興時期哲學家。曾在巴黎和牛津講學，攻擊經院哲學與亞里士多德主義。思想深受庫薩的尼古拉影響，在哥白尼天文學潮流下，發展一種自然主義、神秘主義的泛神論，因異端罪名在羅馬被處以火刑。
- [311] 格桑迪（Gassendi，1592-1655），法國天文學家、自由思想家。
- [312] 黎葉的阿蘭（Alan of Lille），十三世紀法國神學家。
