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列于取缔书籍第一位的是史官所撰秦以外的各国史书。当时，被秦所灭六国的史书尚存。像秦赋予统一战争正义性一样，六国也一定会将这场战争记载为侵略战争。第二位是除博士藏书之外所传习的《诗》、《书》及诸子百家书籍，一律要交到各地郡官署统一烧毁。《诗》、《书》及诸子百家书籍虽说不是批判秦的书籍，但由于它们都是在过去的历史之中发现理想政治、讽刺现实的批判工具，所以李斯认为有可能被利用来作为批判体制的工具。当时的书都是写在竹简、木简和帛（丝绢）上的，所以如果焚书令得以彻底实施的话，全国范围火焰熊熊的景象可想而知。
就违反法令的处罚而言，如有聚众性议论《诗》、《书》者处以“弃市”（处以死刑之后，将尸体暴露于街市），厚古非今者将一族处死，官吏知情不报者同罪，焚书令下达三十日之内尚未烧书者，处以黥刑并罚为筑长城劳役。此外，规定医学、卜筮、农业书籍不在禁书之列，学习法令者可以向官吏请教。
坑儒的对象是诸生，即学者。事发原因在于方士，他们因为找不到仙药，转而诽谤秦始皇，构成惑众行为。在对咸阳诸生的审查中，有四百六十名被活埋处死。当时所谓“诸生”指的是寻求长生不死仙药的方士和信奉孔子的儒者。不论此事与儒者是否无关，毕竟秦始皇不再信任方士是坑儒的导火索，而且就所坑对象来说，与其说“坑儒”，不如说“坑诸生”更为确切。将坑儒特定为坑杀儒者的说法，是东汉以后的事了。
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方士与秦始皇
秦始皇巡行东方时，开始与方士频繁接触。三十二年（前215）巡行碣石时，曾派燕人卢生去寻找羡门、高誓。羡门、高誓都是仙人。当时仙人也写作“僊人”，“僊”是人高升的意思。韩终、侯公、石生等方士也去寻求仙人和仙药（不死之药）。宋毋忌、正伯侨、充尚、羡门子高都是燕人，为方僊道仙人。
《史记·封禅书》曰：仙人、仙药据说藏于渤海之中三神山，即蓬莱、方丈、瀛洲，“去人不远；患且至，则船风引而去”。又曰：“未至，望之如云；及到，三神山反居水下。临之，风辄引去，终莫能至云。”正是一派海市蜃楼景观。
“蜃楼”，即蜃吐气而在海上呈现楼台的现象。《史记·天官书》、《汉书·天文志》曰“海旁蜃气象楼台”。现代汉语称为“海市蜃楼”。若按科学的解释：由于空气的温差产生了密度差，从而引起的光折射现象。在日本的富山湾、琵琶湖也可以见到这样的景观。景观并非生成于空荡的海面。十至几十公里之外的实际远景，或向上反转、伸缩（春季、初夏出现高位海市蜃楼），或向下反转（冬季出现低位海市蜃楼），重叠显现。
此现象多出现在山东半岛、特别是蓬莱阁北的庙岛群岛，在辽东半岛与山东半岛之间海域，六月冷水海面之上的空气中，有微风携暖空气浮现时，高密度冷空气中会出现折射，即可见到海市蜃楼。在实际的岛屿之上，反转地出现该岛屿的样子。北宋人沈括在《梦溪笔谈》中也提到登州（蓬莱）的海市蜃楼。这些现象被人们想象为地上有仙人的存在。
对于人体老化机制，现代医学逐渐予以了解释。人随着年龄的增长，身体机能的逐渐衰退必定是细胞分裂停止、无法进一步新陈代谢所引起的。一方面平均寿命随着医学的进步而增长，另一方面人的个体最长寿命在一百二十岁左右，这是从古至今不曾改变的。由遗传基因所导致的人体老化机制，古代与现代是一样的。能够达到最长寿命的人被视为仙人，说寿命可达两三百岁，在现实中是不可能的。所谓东汉的冷寿光一百五六十岁，甘始、东郭延年、封君达等方士活到一两百岁，是无稽之谈。了解现实的方士们，致力于探索各种延缓衰老、长生不死的方法。
方士卢生曾向秦始皇讲述如何成为真人的方法。说：“真人者，入水不濡，入火不热，陵云气，与天地久长。今上治天下，未能恬淡。”劝说始皇微行外出毋令人知晓，如此可除去身上恶鬼，成为真人。还说人主所居之处若让人臣知之，则有害于精神。自此，因为希望成为真人，秦始皇不称“朕”，自谓“真人”。乃令咸阳周围二百里内的二百七十所宫观，以复道（上下双层道路）、甬道（侧面有墙遮蔽的道路）相连。
然而，秦始皇被方士激怒了。徐巿（徐福）等方士耗资巨万，却一直没能找到仙药。秦始皇得知卢生在享受优厚的待遇同时，却在背地诽谤自己。秦始皇还对长子扶苏很愤怒，因为扶苏了解边远地方的百姓对政治的不满。此时，秦始皇知道不采取严厉措施的话，天下将不会安定。于是，扶苏与蒙恬一同被监禁在了北边的上郡。
最后的巡行
秦始皇在南北战局稍显平稳之时，于三十七年（前210）开始了有生以来最大一次巡行。上一年连续发生了一些不吉的事件：陨石落于东郡，上面居然刻有“始皇帝死而地分”的文字；有一持玉璧者留下“今年祖龙死”一句话和玉璧，扬长而去。玉璧正是九年前秦始皇第二次巡行渡长江时所沉的那一块。秦始皇占卜，得“游徙吉”卦。于是向黄河上游榆中移民三万家，且于次年年初十月癸丑日出发巡行。
1993年湖北省荆州市周家台秦墓出土了一卷写在木牍上的日历，由此可知始皇三十七年十月一日是辛亥日，这个月不是大月（三十日），而是小月（二十九日），所以癸丑日是三号。“游”被理解为离开首都咸阳外出巡行。
第五次巡行，即使最终因自己死在途中而中断，也耗时近一年。出于战争缘故，重开停止四年之久的巡行，而且本人又不能镇守首都，这一切都需要很大决心。仅在首都是不知天下情况的。他让左丞相李斯同行，右丞相冯去疾留守咸阳，批准了少子胡亥本人一同出行的要求。秦始皇的夫人没有一个留下姓名的，只知道他有儿子二十几人。长子是被幽禁的扶苏。末子是胡亥。
与以往四次巡行的路线不同，他首先到了因与百越战争而有所动摇的长江中游，十一月到达云梦，在此祭祀了位于九疑山的舜庙。皇帝亲自到地方是有危险的。乘船顺江而下，出江南，即出今天的浙江省钱塘江，登会稽山，祭祀禹王。史载他在此眺望南海，实际上南海在遥远的南方。战争时期开通的湘水至漓水的水上通路可以抵达南海，毕竟皇帝亲赴那里有所不妥。最终，秦始皇巡行的南线也未能越过长江流域。对匈奴、百越的战争，并没有明确的胜利宣言，匈奴退回了蒙古高原，百越回归了山岳地带。
单一法制的天下统治
秦始皇在会稽山也留下了歌颂自身的表彰刻石。司马迁《史记·秦始皇本纪》收载了这篇刻石文章。文中歌颂了他如何在百越之地移风易俗，其中还提到那里具体的婚俗，如“要隐藏过失，伸张正义；有子寡妇再嫁，为背叛亡夫的不贞行为”。又如“家族内外有别、禁止淫乱的话，则男女关系洁净真诚”。又曰：“夫与他人之妻行不义，若杀之无罪，则男人懂得守义。”还说“若对妻子逃亡改嫁他人、另寻新夫生子不予承认的话，人们将会谨慎淫乱行为”等等。对于那里与北方不同的婚姻习俗试图予以规范化的意图是很明显的。
北方秦国早在战国时期的公元前375年已经制定了严格的户籍制度，家庭就是服兵役、纳税的基本单位。商鞅变法时下令：“一家有二男而不分家者，其赋税加倍”，“禁止父子兄弟同居”，以此奖励单婚家庭。
秦国本来也有婚后仍然二世同居的习俗，但在战国时为推行富国强兵之策而实现了单婚家庭化。所以，当秦遇到南方社会婚姻习俗时，就很自然地企图按法律予以统一治理。比如在秦律中可见“即便已婚女子离家出走，年少而未向官署提出结婚申请者，不构成逃亡罪”，“与妻子离婚而未提出申请者受罚”。可见，国家希望对婚姻予以严格的管理。严格依法治理天下，是李斯提出的方针。
秦始皇北至琅邪台，再次见到徐巿（徐福）。徐巿唯恐遭到谴责，就说“蓬莱药可得，然常为大蛟鱼所苦，故不得至，愿请善射与俱，见则以连弩射之”。始皇也梦见与人模样的海神作战。问占梦者，博士答曰：“水神不可见，以大鱼蛟龙为候。”最终在山东半岛的之罘（今芝罘岛）发现，并射杀一条巨鱼。
秦始皇的末期
秦始皇在平原津发病，不明其病名，仅知病得很重。遭此不测，他留遗言给长子扶苏曰：“于咸阳举行葬礼并下葬。”毕竟尚未确立太子，秦始皇内心因此感到不安。胡亥尚且年幼，他考虑正是敢于进谏的扶苏最可信赖。在竹简上写毕遗书，于卷绳结的黏土上封以印玺。主持先帝葬礼就意味着继承皇帝之位。如此重要的遗书，中车府令赵高竟然擅自扣下，没有送达扶苏。
据《史记》记载：七月丙寅始皇崩于沙丘的平台。然而，从出土的日历来看当年七月并没有丙寅日，所以可能七月是到达沙丘的月份，八月丙寅（二十一日）秦始皇死去。这样，与九月葬于骊山在时间可以首尾连贯。
李斯察觉到事态的紧迫：秦始皇死于赵王离宫一事，若为天下人所知，不知将会发生怎样的事情。诸如始皇公子之间皇位争夺、天下反乱的情况都是有可能出现的。于是决定对始皇之死秘不发丧，棺载于辒辌车中，这样，人们从外面就见不到车内的情况。秦始皇陵出土了一架铜车马，称安车或辒辌车。侧面有小窗可推拉开闭，后侧有开闭式车门可以进出。让宦官与棺同乘，所至上食及百官奏事如故。知道实情的人唯有胡亥、赵高、李斯及宦官五六个人。赵高和李斯废弃了始皇的封书，将赐扶苏为公子的遗诏，伪造成赐扶苏、蒙恬死罪的诏书。当时正值暑天，辒辌车中遗体腐臭，乃令人载入一石（三十公斤）鲍鱼（咸鱼），“以乱其臭”。这样解释为车上载有地方特产的话，也就不足为怪了。
始皇如果不死的话，最后应该去匈奴前线进行视察。那条路，从九原走直道（军事道路）回到咸阳。九月，胡亥发丧，登基二世皇帝。秦始皇之死的消息发布全国，其五十年的生涯，三十七年的治世落下了帷幕。
秦始皇的地下帝国
水银江河、人鱼膏烛台
从秦始皇即位开始，用三十七年修造的骊山北麓的皇陵工程终于宣告结束。秦始皇死后，秦二世负责陵墓的最后工程。这也是他正式继承帝位的一个环节。遗体在发丧之后，送入尚无坟丘的陵墓地下。陵墓以两道城墙环绕：内城东西580米，南北1355米，外城东西940米，南北2165米，周长6.2公里。恰如生前国都的再现。陵区称为陵园。
通往地下三十米墓室有斜面的墓道，相当于十层建筑的地下深度，即使现代建筑也不会有如此深度。放入棺椁之后，在墓室上覆土，墓道门施以封印。地上再建以相当于二十五层建筑的坟丘。
从西安向东北25公里，走高速公路去临潼区，即可见到耸立的秦始皇陵。现存坟丘东西345米，南北350米，高76米，站在顶部可眺望北面的渭河、南面的骊山山脉。从南坡下来可知陵墓为双重夯土墙所围绕。所谓夯土是一种夯击黄土造墙的简易建筑方法，干燥之后其硬度不亚于砖墙。在秦代，长城、直道、坟丘、宫殿的基础等大型土木建筑都使用夯筑。
挖掘到三层地下水的深度，将铜水浇注到椁室的木料中，椁室内堆满了从宫中、官署运来的奇器珍怪。令工匠制作机械弩矢，若有盗墓者接近则射之。以水银象征全国百川和江（长江）、河（黄河）、大海，以机械使之流动。天顶上部绘有天文图，下部绘有地理图。以人鱼膏为烛台，使其长久不灭。
西汉武帝时的司马迁已经是秦始皇死后一百年后的人物。他能否正确记载当年秘密建造的地下宫殿样子就很难说了。地下宫殿尚未发掘，目前不过是从外侧做一些探查。2002年对秦始皇陵坟丘内部以遥感和地球物理学最尖端技术所做的探查研究，得到了中国国家科研项目的认定，命名为“863计划”。
31 一号铜车马侧视图 秦始皇陵西侧出土，（《秦始皇陵铜车马发掘报告》）
32 二号铜车马侧视图
已探明的地宫内部构造
2003年9月第一期调查结束，11月28日秦始皇陵考古队队长段清波先生在北京汇报了一年来的调查结果。采用了地上发射弹性波（确认地下空间）、脉冲雷达（确认地下埋藏物）、电磁波（根据电传导度的测定确定金属物）、电波（确认地下水）、热红外线（测定地表温度，地下空间温度）等探查地下空间构造的技术，并根据地下释放岩石磁气（根据岩石中磁场方向的扰乱，测定地下人工设施的空间构造）、氡放射线（根据上升气体氡确定地下空间的存在）、重力（根据重力差确定地下空间的存在）、水银、伽马射线（确定岩石裂缝及地下水的存在）获取地下的信息。这些都是在不发掘秦始皇陵地宫情况下，从外侧所做的内部结构探查。
其结果探明：地宫东西一百七十米，南北一百四十五米，呈长方形。墓室：地宫中央深三十米，东西约八十米，南北约五十米，高十五米。秦始皇帝应该葬于此。墓室以周围十六至二十二米的石灰岩覆盖。墓室内既无深水亦无倒塌迹象。
即便再长寿也有死的一天。希求实现永生，只有将遗体永久保存一途。若不欲遗体腐败，必须创造阻止蛋白质等有机物分解而造成微生物繁殖的环境。就现代方法而言，或是将遗体进行零下20度的冷冻保存，或使用将福尔马林防腐剂注入血管、腹腔的方法。在古代则使用地下深埋的密闭方法。秦始皇的遗体可谓使用了当时最尖端的保护方法。
33 秦始皇陵地宫推测图（平面图、侧视图）
根据迄今为止的勘探调查，已经知道椁室在地下三十米。这样的深度不会受到太多温度变化的影响。一年之中地热温度恒定在十度到十五度之间。椁室周围填充以木炭，木炭有防腐和调节湿度的作用。
汉代墓葬中已发现三具未腐遗体：长沙马王堆汉墓女尸、荆州男尸和2002年7月江苏省连云港市海州区汉墓身高一米五八的女尸。尸体皮肤状态良好、肌肉仍有弹性，为脂肪蜡化的尸蜡状态。对于现代社会也未能有效利用的冬暖夏凉的地热，古代中国人竟对其原理有着如此的认识，令人惊讶。
如此密封保存尸体，并不是为了让活着的人一睹其容颜。只是认为死者的灵魂会升到地面上来。秦始皇遗体中的灵魂日常生活所需寝殿、休息的便殿、侍候膳食官吏用房都建在地上。陵园的官吏须侍奉每日的饮食。
